Успешная реализация программы мелиорации возможна при участии и координации мероприятий по её разработке, утверждению и выполнению федеральными органами исполнительной власти, являющимися государственными заказчиками программы мелиорации.
На стадии разработки Программы мелиорации планируемые объемы производства сельскохозяйственной продукции и развития мелиоративного фонда по регионам предусматривается формировать на основе предложений высших органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, что оформляется соответствующими Соглашениями между Министерством сельского хозяйства Российской Федерации (как заказчиком - координатором Программы мелиорации) и субъектами Российской Федерации. После согласования важнейших целевых индикаторов и показателей Программы мелиорации с учетом определенных объемов по всем источникам финансирования формируется перечень первоочередных мелиоративных объектов, подлежащих техническому перевооружению, реконструкции и строительству. Выбор мелиоративных объектов для включения в указанный перечень осуществляется по следующей схеме: сельскохозяйственные товаропроизводители → муниципальные образования → субъекты Российской Федерации – Министерство сельского хозяйства Российской Федерации.
Заказчик – координатор Программы мелиорации, по результатам интегральной оценки представленных обосновывающих материалов, характеризующих экономическую и социально – экологическую эффективность, а так же инвестиционную привлекательность мелиоративного объекта, предлагаемого к техническому перевооружению, реконструкции и строительству в субъектах Российской Федерации, принимает решение о включении объекта в Программу мелиорации.