Файл, який має образ цілісного, безперервного набору байт, насправді розкиданий «шматочками» по всьому диску, причому це розбиття ніяк не пов'язано з логічною структурою файлу: логічно об'єднані файли з одного каталогу зовсім не обов'язково повинні бути сусідами на диску.
Принципи розміщення файлів, каталогів і системної інформації на реальному пристрої (диску) називаються фізичної організацією файлової системи.
Зауваження. Різні файлові системи мають різну фізичну організацію (наприклад, розмір кластера). Основним типом пристрою, який використовується для зберігання файлів, є дискові накопичувачі. Ці пристрої призначені для зчитування і запису даних на жорсткі та гнучкі магнітні диски, оптичні диски, flash-носії та ін