Мікроорганізми називають за бінарною номенклатурою, кожний вид має організми називають за бінарною номенклатурою, кожний вид має видову і родову назви. Родову назву пишуть з великої літери (латинською мовою), видову – з малої. Наприклад: збудник правця – Clostridium tetani, збудник чуми – Yersinia pestis, збудник холери – Vibrio cholerae, один із збудників дизентерії – Shigella sonnei. Допускаються скорочення родової назви (S. sonneu).
Згідно з новим кодексом номенклатури бактерій запроваджено такі міжнародні класифікаційні категорії: відділ клас порядок родина рід вид.
Загальновизнаною та найбільш поширеною є класифікація бактерій Д. Берджі. Згідно з визначником, виданим у 1993 р., бактерії поділяють за будовою клітинної стінки та забарвленням за Грамом на такі відділи: Gracilicutes – тонкошкірі (грамнегативні); Firmicutes – товстошкірі (грампози-тивні), Tenericutes – не мають клітинної стінки (мікоплазми), Mendisicutes – архебактерії (вони непатогенні).
Для зручності відділи описують за групами, які включають родини, роди та види. Там, де вони об'єднані в порядки і класи, вказується їхня назва.
Найбільше практичне значення серед грамнегативних бактерій мають:
1-ша група – спірохети, родина спірохет: рід трепонем – збудники сифілісу, рід борелій – збудники поворотного тифу; родина лептоспір, рід лептоспір – збудники лептоспірозу;
2-га група – аеробні (мікроаерофільні) рухливі вібріоїдні бактерії: рід спірил – збудники содоку (хвороби укусу щурів), роди кампіло-бактерій і гелікобактерій – представники нормальної мікрофлори (збудники шлунково-кишкових захворювань), рід бделовібріонів – паразити бактерій, очищують воду;
4-та група – аеробні (мікроаерофільні) палички та коки (8З роди): рід нейсерій – збудники гонореї та менінгіту, рід бордетел – збудники коклюшу, рід бруцел – збудники бруцельозу, рід францисел – збудники туляремії, рід псевдомонад – збудники гнійно-запальних процесів і сапу, рід легіонел – збудники гострих респіраторних інфекцій;
5-та група – факультативно-анаеробні палички (45 родів, 3 родини): родина ентеробактерій, роди ешерихій, сальмонел та шигел – усі вони збудники кишкових захворювань, рід ієрсиній – збудники чуми, псевдотуберкульозу та кишкового ієрсиніозу, роди протею і клебсієл – умовно-патогенні, збудники гнійно-запальних процесів; родина пастерел, рід гемофіліс – збудники м'якого шанкру та інфлюенци; родина вібріонів, рід вібріонів – збудники холери;
6-та група – анаеробні палички: прямі, зігнуті, спіральні, аспорогенні; родина бактероїдів, рід бактероїдів; рід фузобактерій – умовно-патогенні мікроорганізми, збудники гнійно-запальних і некротичних процесів (апендициту);
8-ма група – анаеробні коки, родина вейлонел, рід вейлонел – представники нормальної мікрофлори, умовно-патогенні, збудники запальнихпроцесів у м'яких тканинах;
9-та група включає родини рикетсій, хламідій і бартонел; родина рикетсій – збудники висипного тифу та інших рикетсіо-зів; родина хламідій – х рикетсіо-зів; родина хламідій – збудники трахоми, орнітозу та інших хламідіозів.
Серед грампозитивних бактерій найбільше практичне значення мають:
17-та група – грампозитивні коки: родина мікрококів, рід стафілококів; родина стрептококів, рід стрептококів. Усі вони є збудниками гнійно-запальних захворювань; родина бацил: рід бацил – збудники сибірки, рід клостридій – збудник правця, ботулізму, газової анаеробної інфекції;
19-та група – аспорогенні палички: рід еризопелотрикс – збудники еризопелоїду, рід лістерій – збудники лістеріозу (опортуністичні інфекції);
20-та група включає рід коринебактерій – збудники дифтерії і рід актиноміцетів – збудники актиномікозів;
21-ша група – родина мікробактерій, рід мікробактерій – збудники туберкульозу, лепри;
22-га – 29-та групи – актиноміцети, непатогенні (за вийнятком 22-ї групи, рід нокардій);
25-та група – рід стрептоміцетів – продуценти антибіотиків (стрептоміцину);
30-та група – мікоплазми – збудники мікоплазмозів.