У ковбасний фарш мікроорганізми можуть потрапляти на всіх основних етапах технологічного процесу його приготування: з сировини, при підготовці м'яса (розрубу туш, обвалці, жиловці), засолі, складанні ковбасного фаршу, наповненні ковбасної оболонки фаршем.
Сировина. До сировини в ковбасному виробництві пред'являють високі санітарні вимоги, оскільки воно є одним з джерел мікробного осіменіння . М'ясо і субпродукти мають різний ступінь осіменіння мікроорганізмами залежно від передзабійного стану тварин, від яких вони отримані. Для вироблення ковбасних виробів застосовують сировину, отриману від здорових, угодованих тварин.
У несвіжій і ослизлій, а також із забрудненою поверхнею (кров, вміст шлунково-кишкового тракту та ін.) сировині мікроорганізми містяться у великій кількості. У виробництво таку сировину допускають тільки після попередньої ретельної санітарної обробки (зачистки, промивання тощо).
Підготовка м'яса.Кількість мікроорганізмів в м'ясі різко збільшується при розрубі туш, обвалці, жиловці, – оскільки ці операції виконують уручну. Наприклад, тільки після розрубу і обвалки осіменіння м'яса мікроорганізмами інколи зростає в 100 разів і більш. В процесі розрубу, обвалки і жиловки м'язова тканина оголюється і подрібнюється, унаслідок чого збільшується площа її зіткнення із зовнішнім середовищем, і стає неминучим попадання в м'ясо різних гнильних неспоротвірних і спорових бактерій, ентерококів, актиноміцетів, цвілевих грибів, дріжджів, кишковою, палички, бактерій роду протеус, стафілококів і інших сапрофітних і умовно-патогенних мікроорганізмів, а інколи – і патогенних бактерій (сальмонелл та ін.).
Мікроорганізми потрапляють в м'ясо з рук робітників, із спецодягу, інструментів, обваловувальних столів, інвентарю, тари, з повітря виробничих приміщень та ін. Відбувається також перерозподіл мікроорганізмів, що є на поверхні туші, на оголюванні при розрізі нової (внутрішньої) ділянки м'язової тканини. Ступінь осіменіння м'яса залежить від розмірів шматків, на які розділяють туш: чим більше відношення поверхні до об'єму шматка (тобто менше його величина), тим більше ступінь осіменіння мікроорганізмами.
З метою максимального зниження ступеня мікробного осіменіння сировини необхідно, щоб процес підготовки був короткочасним (не більше кількох годин) і проводився при зниженій температурі виробничих приміщень. Крім того, слід строго дотримувати санітарно-гігієнічний режим виробництва (ретельна санітарна обробка приміщень, обваловувальних столів, інструментів, тари, спецодягу, дотримання правил особистої гігієни робітниками тощо).