Для запобігання осіменіння яєць мікроорганізмами із забрудненою шкарлупою необхідно строго виконувати правила їх збору, зберігання і передбачені технологією санітарно-гігієнічні вимоги: брати яйця чистими руками за тупий і гострий кінці великим і вказівним пальцями, цілі чисті яйця укладати окремо від забруднених і надтріснутих, збирати яйця в спеціальну чисту тару та ін.
Для видалення мікроорганізмів із забрудненої поверхні шкарлупи невеликих партій яєць застосовують миючі і дезинфікуючі препарати, а при масовій обробці яєць їх дезинфікують парами формальдегіду, йоду, хлору.
Яйця, інфіковані патогенними і умовно-патогенними мікроорганізмами, зазвичай знешкоджують тепловою обробкою. З господарств, неблагополучних по сальмонельозу, туберкульозу, орнітозу і іншим інфекційним хворобам, яйця дозволяють продавати після їх ретельного проварювання при 100°С.
Особливу небезпеку представляють яйця водоплавного птаха, які часто бувають заражені сальмонелами. У зв'язку з цим продавати качині і гусячі яйця в магазинах, на ринках, а також реалізовувати їх в сирому вигляді через мережу громадського харчування заборонено.
Джерелом мікробного осіменіння яйцепродуктів окрім самого яйця можуть бути також інвентар, посуд, устаткування, руки і спецодяг робітників, повітря виробничих приміщень та ін. При ретельному дотриманні санітарно-гігієнічного режиму виробництва, ефективному митті і дезінфекції яєць мікробне осіменіння яйцепродуктів може бути значно пониженим.
Для отримання сухих яйцепродуктів (яєчний порошок) з найменшим мікробним осіменінням необхідно використовувати яйця, що містять мікроорганізми, у мінімальній кількості, ретельно їх мити і дезінфікувати, строго дотримувати санітарно-гігієнічний режим виробництва і проводити перед сушкою пастеризацію яєчної маси.