У хлібопекарському виробництві і при виробництві борошняних кондитерських виробів сировиною застосовують муку, дріжджі, цукор, цукристі речовини, жири, яйця і яйцепродукти, молоко і молочні продукти, фрукти і ягоди, смакові, ароматичні та інші речовини. Сировина як рослинного, так і тваринного походження містить велика кількість живильних речовин і, таким чином, є сприятливою середою для розвитку мікроорганізмів. Тому на харчових підприємствах слід приділяти велику увагу мікробіологічному контролю сировини, що поступає на виробництво, а також дотримувати санітарні вимоги при його зберіганні, переробці і транспортуванні.
Мука. При помелі в муку потрапляють всі мікроорганізми, що знаходяться на поверхні зерна, в результаті їх життєдіяльності мука при зберіганні може піддаватися мікробіологічному псуванню.
В 1 г муки містяться сотні тисяч мікроорганізмів. Головним чином це бактерії, дріжджі і мікроскопічні гриби. Деякі мікроорганізми викликають хвороби зерна, які, у свою чергу, можуть викликати захворювання людини і тварин. Існує допустима норма вмісту шкідливих грибкових паразитів (спориньї, головешки) і насіння отруйних смітних трав (куколю, горчаку), вище за яку мука вже не може бути використана в харчових цілях. Так, допускається загальний вміст спориньї, головешки, куколю і горчаку не більше 0,06%.
Мікробіологічне псування муки відбувається при збільшенні вмісту в ній вологи понад 15% в результаті неправильного зберігання. Мука прокисає в результаті активізації життєдіяльності молочнокислих бактерій, які зброджують цукор муки з утворенням кислот.
При зберіганні муки на складах при підвищеній відносній вологості повітря відбувається її пліснявіння під дією мікроскопічних грибів.
Згіркнення муки є результатом окислення жирів муки киснем повітря і ферментативного гідролізу жирів. При зберіганні муки при вологості більше 20% відбувається саморозігрів муки, який супроводжується розмноженням споротворних бактерій, що викликають тягучу хворобу хліба. Така мука в хлібопеченні і виробництві борошняних кондитерських виробів не використовується.
Крохмаль. Сирий картопляний крохмаль є швидкопсувним продуктом, оскільки має високу вологість (близько50 %). За несприятливих умов зберігання в крохмалі інтенсивно розмножуються бактерії, що приводить до мікробіологічного псування крохмалю – його закисання, зміни кольору. Сухий крохмаль, що має вологість 20%, не піддається мікробіологічному псуванню. Якщо крохмаль зберігати при високій відносній вологості повітря, то унаслідок високої гігроскопічності (здатності поглинати вологу) він може зволожуватися; утворюються грудки, розвиваються мікроорганізми і з'являється гнильний запах.