Всі хвороби, що виявляються при зберіганні плодів і овочів, можна умовно підрозділити на п'ять груп.
До першої групи відносяться хвороби, розвиток яких відбувається тільки в саду або полі в період вегетації. Нових перезаражень ними в період зберігання не буває. Всі ці хвороби є вірусними і мікоплазмовими.
До другої групи відносяться хвороби, зараження якими відбувається в період вегетації (зазвичай незадовго до збирання врожаю), а розвиток продовжується вже в період транспортування або зберігання, особливо при недотриманні режимів зберігання, тобто в умовах, що приводять до фізіологічних порушень і зниження природної стійкості плодів і овочів. Багато які з цих хвороб не лише продовжують розвиватися в межах зараженого плоду, але і поширюються на ті, що оточують.
До третьої групи відносяться хвороби, виникнення і розвиток яких відбувається головним чином (або виключно) в період зберігання. Збудниками їх є в основному сапрофітні гриби і бактерії, що розвиваються тільки на мертвих або дуже сильно ослаблених рослинних тканинах. Всередину тканини вони проникають, як правило, через різні механічні пошкодження (тріщини, подряпини, місця ударів, натисків, тощо). Велика частка збудників цієї групи хвороб здатна вражати багато видів рослин і легко перезаражати різні види продукції.
До четвертої групи відносяться фізіологічні, або функціональні, хвороби.
До п'ятої групи відносяться хвороби або пошкодження, нанесені шкідниками (комахами, кліщами, нематодами).
Окрім того, що пошкодження комахами знижують товарні якості плодів, у багатьох випадках саме вони (так само, як і функціональні хвороби) сприяють розселенню на таких плодах сапрофітної мікрофлори (грибів і бактерій), тобто розвитку зв'язаного патологічного процесу.
Розвиток хвороб в період зберігання в дуже великому ступені залежить від умов зберігання. У багатьох випадках саме недотримання режиму зберігання стає основною причиною масового розвитку захворювання.
При високих позитивних температурах в сховищах завжди активно розвиваються цвілеві гриби. Крім того, високі температури прискорюють старіння плодів і, ослабляючи їх природні захисні властивості, роблять плоди сприйнятливішими до гнильних мікроорганізмів.