Мікрофлора цих товарів в основному представлена різними молочнокислими бактеріями. В активній фазі бродіння кількість їх в 1 г продукту може досягати 500 мл. У готових продуктах виживають лише анаеробні і факультативно-анаеробні, кислототривкі, малочутливі форми бактерій – плантарум, бревіс і деякі інші. Останні відносяться до гетероферментативних. Утворюючи значні кількості оцтової і молочної кислот, етилового спирту, вуглекислого газу, ефірів, диацетилу, вони надають квашеним овочам приємному смаку.
У глибинних шарах квашених овочів (у дошниках, бочках) при підвищеній температурі зберігання можуть розвиватися маслянокислі бактерії, що викликають розм'якшення консистенції, додають важкий запах і неприємний смак. Поверхневі шари можуть заселятися дріжджами, цвілевими грибами. В результаті розсіл опріснюється, консистенція розм'якшується. При рясному розвитку в поверхневому шарі цвілевих грибів створюються сприятливі умови для гнильних бактерій, що викликають глибоке псування.