Надходження мікрофлори в сир із зовнішніх джерел обмежене коротким періодом його виробництва до формування. Після формування сиру всі зміни мікрофлори відбуваються унаслідок розвитку тих мікробів, які потрапили при його утворенні. Тільки м'які сири, що дозрівають за участю цвілі, і напівтверді сири, що дозрівають за участю мікрофлори поверхневого слизу, відрізняються від інших сирів тим, що на їх поверхні розвиваються цвіль, дріжджі і бактерії – вже після формування.
Розрізняють чотири джерела мікрофлори всіх сирів: молоко, сичуговий фермент, бактерійна закваска, устаткування і апаратура.
Молоко. Якість молока при виробленні сичугових сирів має величезне значення, що не зменшується і в тих випадках, коли молоко піддають пастеризації.
Негативний вплив на якість сиру надає наявність в молоці значної кількості небажаних бактерій (гнильні, мікрококи, мамококи, бактерії групи кишкових паличок, маслянокислі бактерії).
Для оцінки придатності молока при виробленні сиру на сироварному заводі його досліджують за допомогою простих проб: на редуктазу (проба з резазуріном), бродильною або сичугово-бродильною.
Особливо важливе значення має контроль молока за допомогою бродильної проби, яка характеризує осіменіння молока кишковими паличками і пептонизуючими бактеріями (мамококи й мікрококи). Паралельно з цією пробою ставлять пробу на виявлення в молоці маслянокислих бактерій (молоко прогрівають при 90°С 10 хвилин, а потім термостатують). Утворення рваного згустку з відділенням сироватки свідчить про забруднення молока маслянокислими бактеріями.
Молоко для вироблення більшості сирів пастеризують. Застосовують режим пастеризації молока 72-75°С, протягом 15-20 секунд, при якому деякі термостійкі бактерії (ентерококи, мікрококи, стафілококи) знищуються не повністю.
Для вироблення сиру молоко (пастеризоване і сире) піддають дозріванню – витримують його при 10-12°С протягом 10-12 годин. При цьому збільшується кількість молочнокислих бактерій і підвищується кислотність молока до 20°Т. Але при дозріванні молока можуть розмножуватися також мікрококи, ентерококи і кишкові палички, якщо вони містяться в молоці.
Сичуговий фермент. Він містить невелику кількість бактерій і практично не впливає на мікрофлору сиру. У порошку зустрічаються спори бацил (переважно гнильних); загальна кількість бактерій в 1 г порошку не перевищує 100 тис., що з розрахунку на 1 мл заквашеного молока складає не більш 2-3 клітин. У сичуговому порошку не допускається вміст бактерій групи кишкових паличок і маслянокислих бактерій.
Бактерійна закваска. Вживані в даний час при виробленні сиру закваски є основним джерелом його мікрофлори, причому вони в найбільшій мірі заповнюють мікрофлору високоякісних сирів. Для твердих сирів з низькою температурою другого нагрівання (наприклад, голландського, костромського, степового) і напівтвердих сирів (латвійський, пікантний) до складу закваски входять мезофільні молочнокислі стрептококи: як енергійні кислотоутворювачі – Str. lactis і Sir. cremoris, так і ароматотворні стрептококки – Str. diacetilactis, Str. paracitrovorus (Leuconostoc dextranicum). Доза закваски складає від 0,5 до 1,5% до маси молока. Всі компоненти закваски для сирів – на відміну від заквасок для кисломолочних продуктів і масла – повинні володіти вираженою дією на білок (протеолітичною активністю). При виробництві м'яких сирів, що дозрівають за участю цвілі, поряд із закваскою з мезофільних стрептококів (таких самих, як для дрібних твердих сирів) застосовують культури певних видів цвілевих грибів. Так, при виробленні сирів типа рокфору в молоко або в сирну масу вносять чисту культуру цвілі Penicillium. roqueforti; при виробництві сирів типа десертного (десертний білий, камамбер) на поверхню сиру наносять конідії плісеней – Penicillium candidum, Penicillium album.
Для виробництва твердих сирів з високою температурою другого нагрівання (швейцарський, радянський) окрім вказаної вище закваски з мезофільних молочнокислих стрептококів вносять закваску термофільних бактерій – Lbm. helveticum і Lbm. lactis – і культуру пропіоново-кислих бактерій (Propionibacterium Shermanii).
Устаткування і апаратура. В умовах високої санітарної культури виробництва це джерело мікрофлори не має великого значення, тому що кількість мікроорганізмів, що поступають з нього в сир, незначна, і мікрофлора закваски – як в кількісному відношенні, так і за активністю – абсолютно домінуватиме. Що стосується патогенних мікроорганізмів, то при строгому дотриманні санітарно-гігієнічних умов на виробництві і технологічних інструкцій вони не повинні потрапляти на устаткування.
При нестрогому дотриманні санітарно-гігієнічних правил і технологічних інструкцій устаткування може забруднюватися мікроорганізмами через воду, повітря, руки працівників цеху, і служити джерелом мікробного осіменіння сиру. Ця мікрофлора представляє серйозну небезпеку, оскільки потрапляє в молоко або сирну масу після теплової обробки, і в процесі вироблення сиру не знешкоджується. До складу даної мікрофлори можуть входити ентеротоксигенні стафілококи, а інколи і сальмонели.