Иудея, как и Израиль, пережила трагическую судьбу, она пала под ударами Нововавилонской империи. В начале VI в. до н.э. Навуходоносор II несколько раз нападал на Иудею. Иерусалим был разрушен, Иерусалимский храм уничтожен, наиболее активная часть иудейского общества была уведена в Вавилонский плен. Иудея опустела, государства с таким названием больше не существовало.
Вавилонский плен продолжался более пятидесяти лет. Лишь когда персидский царь Кир II разгромил Новый Вавилон, евреи вернулись на родину и, получив разрешение от персидских владык, восстановили Иерусалим и Иерусалимский храм.
Государство Второго храма — государство теократическое. Из плена была привезена Тора (Учение), которая была освящена и объявлена законом жизни, следовать которому надо неукоснительно. В это время иудаизм окончательно приобретает свои классические черты. Идея монотеизма была развита до своего логического завершения. Согласно религии иудаизма, Яхве — единственный Бог, творец и вседержитель. Укрепились позиции жречества. Это была замкнутая наследственная каста. Жертвоприношение возможно было только в Иерусалимском храме.
В период плена и в послепленный период устами пророков была высказана идея богоизбранничества. Надо отметить, что если в речах пророков допленного периода слышалось обличение и высказывалось предупреждение о Божьей каре, то в речах пророков эпохи плена главным мотивом было утешение. Они говорили о том, что народ понес справедливое наказание, но отчаиваться не стоит, ибо Бог милосерден и в своей любви не оставит избранный им народ. Если в религиях большинства других народов утешение заключается в обещании будущей загробной жизни, то в иудаизме идея утешения связана с жизнью земной. Идея богоизбранничества — своеобразная форма утешения, развитого в иудаизме.
Одним из важнейших законов нового государства было запрещение браков евреев с неевреями. Политика национальной изоляции и устройство государства по законам религиозной общины, быть может, является одной из причин, которая способствовала тому, что несмотря на трагические удары судьбы и долгое отсутствие государственности, еврейская культура не исчезла.
В период государства Второго храма окончательно сложились основные обряды, праздники и каноны священных книг.