На Северо-Востоке зарождалась новая эпоха Отечественной истории, возвышалась Москва, начавшая собирание русских земель. Это был путь централизации государства, и ему споспешествовала Церковь. В Московский период сложились иные, нежели это было в Киевский период, отношения между Церковью и государством. Это было не внешним сближением церкви и государства, а появлением иного принципа, в результате которого Церковь теряла свою самостоятельность и независимость от светской власти.
В XIV в. Московская митрополия получила автокефалию (от греч. autos — сам, kephale — голова; самоуправление, административная независимость православных церквей). В 1448 г. митрополит Исидор, грек по происхождению, был смещен, и на его место был назначен русский митрополит Иона. Зависимость Русской церкви от Константинополя закончилась, поскольку и исторического смысла, и необходимости в поддержании этой связи уже не было.
Идеологически это получило выражение в теории «третьего Рима», которую сформулировал псковский игумен Филофей. Первый Рим погиб из за ересей раннего христианства, второй (Византия) в силу безбожной унии с латинами, а потому Москва — третий Рим. Свобода Русской церкви от духовной матери -— Византийского православия — обернулась подчинением государственному самодержавию.
Важнейшим событием в истории Русской Православной церкви XVI в. был Стоглавый собор (1551 г.), на котором была предпринята попытка унификации богослужения во всей церкви. Стоглавый собор был пронизан духом суровой критики реального положения духовенства, его порочности и небрежения к обязанностям, требованием чистоты духовенства. Собор предусматривал надзор за нравственностью и поведением духовенства и мирян. Последним, в частности, запрещалось играть на музыкальных инструментах, брить бороды, играть в шахматы, смотреть выступления скоморохов.
Важным вопросом на Стоглавом соборе был вопрос о секуляризации церковно-монашеского имущества. В обсуждении этого вопроса слышался накал полемики предшествующих лет между стяжателями и нестяжателями. Их спор — это спор о праве монахов владеть имуществом.
Много места на Соборе уделялось вопросам культа. Собор признал необходимость двуперстного крестного знамения, направление крестного хода посолонь, а не противосолнца, сугубую, а не трегубую аллилуйю. Поднимался вопрос о культе святых и об их канонизации.
Московский период характерен и тем, что в это время оформились первые еретические движения. В Псковско-Новгородских землях возникло движение стригольников. Общим пафосом их выступления было недоверие к посреднической роли всякого духовенства между Богом и людьми. Они отрицали церковную иерархию, резко обличали «обмирщенность» духовенства и его пороки,
Яркой страницей Московского периода была деятельность Сергия Радонежского, который явил образ аскетического служения христианской вере, заложил основы духовной истории, основал Свято-Троицкий монастырь, сыгравший выдающуюся роль в истории отечественной культуры.