Логическим завершением процессов, обозначившихся в Московский период, явился Патриарший период. Константинопольской церкви подписал документ, и во главе Русской Православной церкви в 1589 г. стал патриарх Иов. Так фактическая самостоятельность Русской церкви получила юридическое закрепление.
Деятельность первых патриархов пришлась на Смутное время. При всех перипетиях личных судеб патриархов, Церковь в это время принимала активное участие в государственно- патриотической борьбе за восстановление целостности
Два важнейших события характеризуют жизнь русской православной церкви в XVII в.: первое: — «встреча с Западом», второе — раскол.
Реформы, которые проводил патриарх Никон по указу царя Алексея Михайловича, были исторически необходимы. Реформы Никона не изменили вероучения, но они внесли заметные изменения в обрядность. Всего было введено 19 изменений в чин богослужения, некоторые из них оказались совершенно неприемлемыми для значительной части духовенства и рядовых верующих.
· Имя Христа ранее писалось — Исус, Поместный собор под руководством Никона обязал писать через два «и» — Иисус, что приближалось к греческому произношению имени Христа.
· Литургия ранее заканчивалась двойной («сугубой») аллилуйей: «Аллилуйя, аллилуйя, слава Тебе, Боже». Было постановлено произносить тройную («трегубую») аллилуйю.
· Раньше крестное значение творили двумя перстами —"они символизировали двойственную — божественную и человеческую — сущность Иисуса Христа; Собор постановил творить знамение тремя перстами — во 1мя Отца, Сына, и Святого Духа.
· Крестный ход совершали «посолонь» — по ходу солнца, что символизировало Иисуса Христа: значит — по его пути; было постановлено совершать крестный ход против хода солнца — навстречу Иисусу.
· Восьмиконечный крест на просфорах было указано заменить на четырехконечный.
· были отменены лествицы (четки), употреблявшиеся три чтении молитв.
Важным изменением было установление назначать священников, а не избирать, как это было раньше. Зависимость священнослужителей от высшего духовенства, от официальной иерархии резко возросла.
Эти изменения, не затронувшие духа православия, вызвали протест, который привел к расколу церкви на никониан и старообрядцев.