С 1 февраля 2009 года (интронизация) Предстоятель Церкви — Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев), избранный на патриарший престол 27 января.
Существенная исторически беспрецедентная особенность положения РПЦ после 1991 года (распада СССР) — транснациональный характер её исключительной юрисдикции в пределах бывшего СССР (без Грузии): впервые за всю историю своего бытия Московский Патриархат полагает своей «канонической территорией» территорию множества суверенных и независимых государств. Как следствие, её административно-канонические подразделения, находясь в разных странах, функционируют в весьма различных государственно-правовых, общественно-политических и конфессионально-культурных условиях. В результате, с начала 1990-х годов сохраняется канонически ненормальная ситуации параллельных юрисдикций в Эстонии и Молдавии.
По данным, приведённым на Архиерейском совещании 2 февраля 2010 года Патриархом Кириллом, в РПЦ было 160 епархий, 207 правящих и викарных епископов, 30 142 прихода, 28 434 священника, 3 625 диаконов; 788 монастырей, в том числе 386 мужских и 402 женских.
13 декабря 2007 года Патриарх Алексий II, имея, очевидно, в виду страны за пределами бывшего СССР, сказал: «<…> около 400 приходов имеет за рубежом Московский Патриархат и около 300 приходов — Русская Зарубежная Церковь. Таким образом, сотни приходов сейчас духовно окормляют наших соотечественников за границей.