После смерти Лютера среди его последователей лютеран начались ожесточенные идейные споры, длившиеся три десятилетия и получившие название «тридцатилетней войны в лютеранстве». Лишь в 1577 году различные партии смогли примириться, выработав согласительный документ («Формулу согласия»), ставший еще одной важнейшей вероучительной книгой лютеранства.
Аугсбургский религиозный мир.В год смерти Лютера император Карл V начал военные действия против лютеранских князей. Эта война оказалась для него удачной. После этого начались ограничения протестантов в правах. Но следующая война католической и протестантской партий (1552-1553) закончилась победой протестантов. В результате Карл отрекся от престола в пользу своего брата Фердинанда. Определенным итогом противостояния с императором Карлом V и приверженцами католицизма. 25 сентября 1555 года имперский сейм в Аугсбурге заключил и религиозный мир (соглашение из 22 пунктов). Его основные положения сводятся к следующему:
1. Религиозная принадлежность жителей того или иного княжества определялась волей князя (лат. jus reformandi, позже этот принцип оформился в cuius regio, eius religio — чья власть, того и религия). Так что фактически свобода вероисповедания признавалась лишь за курфюрстами, князьями и имперскими чинами, а не за их подданными.
2. Все религиозные разногласия должны решаться мирным путем.
3. Соглашение не распространяется на другие протестантские исповедания (цвинглианство, кальвинизм, анабаптизм).
4. Те из подданных, кто не желает вместе с князем принять новое исповедание, должны покинуть пределы княжества (jus emigrandi), предварительно распродав свое имущество.
5. В имперских городах допускалось сосуществование двух конфессий, если к моменту заключения мира здесь были представители обоих исповеданий.
6. Если кто-то из духовных князей переходит в протестантизм, он теряет свой сан, а также связанные с ним бенефиции и владения. Таким образом, предотвращалась возможность секуляризации духовных княжеств.
Аугсбургский мир допустил мирное сосуществование на законном основании двух церквей и тем самым разрушил традиционный средневековый порядок. Он значительно усилил власть князей, что было выгодно не только для протестантов, но отчасти и для католиков, так как позволило провести частичную секуляризацию церковных владений. Это закрепило политическую раздробленность империи. Именно это перемирие подвело черту под политической борьбой между католическими и протестантскими землями в Германии. Порядок, установленный Аугсбургским миром, сохранялся до Тридцатилетней войны (1618-1648).
Попытка диалога с Православной Церковью.Филипп Меланхтон был склонен к компромиссам не только с католиками и кальвинистами, но и с православными. Известен ряд его попыток связаться с Константинопольским Патриархом через венецианских греков. Однако эти попытки остались безуспешными. Позднее в Виттенберге появился православный диакон Димитрий. Который взял на себя задачу доставить в Константинополь текст «Аугсбургского исповедания», переведенный на греческий язык. В основу текста была положена Varianta 1531 года в свободной интерпретации, сделанной специально для греков. Димитрия также снабдили личным письмом Меланхтона, в котором он старался убедить Патриарха, что в лютеранском вероучении много общего с православием. Диакон Димитрий прибыл в Константинополь в конце 1559 года, был принят патриархом Иосафом II, которому передал лютеранские документы. «Аугсбургское исповедание» вызвало у греков неприятие. Однако в политическом отношении немцы рассматривались как важная опора в борьбе с турками, поэтому греки ничего не ответили на послание Меланхтона, а сделали вид, что не получили его.
Новая попытка начать диалог относится к 1574 году. Канцлер Тюбингенского университета Яков Андреэ и учитель греческого и латинского языков того же университета Мартин Крузий подготовили шесть копий исповедания, отправленных на Восток. Они также приложили к копии, предназначенной для Патриарха Иеремии II, письмо, в котором говорили, что лютеране не исповедуют никаких нововведений, а сохраняют веру святых апостолов и семи Вселенских Соборов.
Лютеране обменялись с Патриархом Иеремией тремя письмами (лютеране — 1574, 1577, 1580; ответы Патриарха — 1576, 1579, 1581). Переписка ни к чему не привела. Лютеранам не удалось убедить Патриарха признать их исповедание православным, а Патриарху не удалось убедить лютеран отказаться от еретических (с точки зрения православия) доктрин. Тем не менее, переписка была полностью издана еще в XVI веке и привлекла к себе значительное внимание на Западе. Папа Григорий XIII (1572-1585) даже поздравил Патриарха Иеремию с превосходной «отповедью схизматикам». В 1866 году издан русский перевод ответов Патриарха Иеремии.