Основными источниками мифологии синтоизма являются вышеупомянутые сборники «Кодзики» и «Нихонги», созданные, соответственно, в 712 и 720 годах нашей эры. В них были включены объединённые и переработанные сказания, ранее передававшиеся изустно из поколения в поколение. В записях из «Кодзики» и «Нихонги» специалисты отмечают влияние китайской культуры, мифологии, философии.
События, описываемые в большинстве мифов, происходят в так называемую «эру богов» — промежуток от возникновения мира до времени, непосредственно предшествующего созданию сборников. Продолжительность эры богов мифы никак не определяют. По окончании эры богов наступает эра правления императоров — потомков богов. Истории о событиях времён правления древних императоров заканчивают свод мифов. Оба сборника описывают одни и те же мифы, нередко в различной форме. В «Нихонги», кроме того, каждый миф сопровождается перечислением нескольких вариантов, в которых он встречается.
Первые истории рассказывают о возникновении мира. Согласно им, мир первоначально пребывал в состоянии хаоса, содержащего в себе все элементы в смешанном, бесформенном состоянии. В некий момент первозданный хаос разделился и образовались Такама-но хара (яп. 高天原?, Равнина Высокого неба) и острова Акицусима (яп. 蜻蛉島?, Острова Стрекоз). Тогда же возникли первые боги (в разных сборниках они называются по-разному), а следом за ними стали появляться божественные пары. В каждой такой паре были мужчина и женщина — брат и сестра, олицетворяющие различные природные явления.
Очень показательной для понимания мировоззрения синто является история Идзанаги и Идзанами — последней из появившихся божественных пар. Они создали остров Онногоро — Срединный столп всей земли, и заключили между собой брак, став мужем и женой. От этого брака появились японские острова и множество ками, заселивших эту землю. Идзанами, произведя на свет бога Огня, заболела и через некоторое время умерла и отправилась в Страну Мрака. В отчаянии Идзанаги отрубил голову богу Огня, и из его крови произошли новые поколения ками. Скорбящий Идзанаги последовал за женой, чтобы вернуть её в мир Высокого Неба, однако застал Идзанами в ужасном виде, разлагающейся, ужаснулся увиденному и бежал из Страны Мрака, завалив вход в неё скалой. Разгневанная его бегством Идзанами пообещала убивать тысячу человек в день, в ответ Идзанаги сказал, что будет ежедневно строить хижины для полутора тысяч рожениц. Эта история как нельзя лучше передаёт представления синто о жизни и смерти: смертно всё, даже боги, и нет смысла пытаться вернуть умерших, но жизнь побеждает смерть через перерождение всего живого.
Со времён, описанных в мифе об Идзанаги и Идзанами, мифы начинают упоминать о людях. Таким образом, мифология синто относит появление людей к временам, когда только появились японские острова. Но сам по себе момент появления людей в мифах специально не отмечен, отдельного мифа о сотворении человека нет, поскольку представления синто вообще не проводят жёсткого различия между людьми и ками.
Вернувшийся из Страны Мрака Идзанаги очистился, омывшись в водах реки. Когда он совершал омовение, из его одежды, украшений, капель воды, стекающей с него, появилось множество ками. В числе прочих, из капель, омывших левый глаз Идзанаги, появилась богиня Солнца Аматэрасу, которой Идзанаги отдал Равнину Высокого Неба. Из капель воды, омывшей нос — бог бури и ветра Сусаноо, получивший под свою власть Равнину Моря. Получив под свою власть части Мира, боги начали враждовать. Первым был конфликт Сусаноо и Аматэрасу — брат, посетив сестру в её владениях, повёл себя буйно и несдержанно, и в конце концов Аматэрасу заперлась в небесном гроте, принеся в мир тьму. Боги (по другой версии мифа — люди) выманили Аматэрасу из грота с помощью пения птиц, танцев и громкого смеха. Сусаноо принёс искупительную жертву, но всё равно был изгнан с Равнины Высокого Неба, поселился в стране Идзумо — западной части острова Хонсю.
После истории о возвращении Аматэрасу мифы перестают быть последовательными и начинают описывать отдельные, не связанные друг с другом сюжеты. Все они рассказывают о борьбе ками друг с другом за владычество над той или иной территорией. В одном из мифов рассказывается о том, как внук Аматэрасу, Ниниги, сошёл на землю, чтобы править народами Японии. Вместе с ним на землю отправились ещё пять божеств, давших начало пяти наиболее влиятельным кланам Японии. Другой миф говорит, что потомок Ниниги Иварэхико (носивший при жизни имя Дзимму), предпринял поход с острова Кюсю на Хонсю (центральный остров Японии) и подчинил себе всю Японию, основав, таким образом империю и став первым императором. Этот миф — один из немногих, имеющих датировку, он относит поход Дзимму к 660 году до н. э., хотя современные исследователи полагают, что события, отразившиеся в нём, в действительности происходили не ранее III века нашей эры. Именно на этих мифах основан тезис о божественном происхождении императорской фамилии. Они же стали основанием для государственного праздника Японии — Кигэнсэцу, дня основания империи, отмечаемого 11 февраля.