В первые же годы реставрации Мэйдзи был выпущен указ об отделении буддизма от синтоизма, создан Департамент Синтоизма, а также вышла официальная декларация, объявляющая синтоизм государственной религией Японии (до этого момента официальной государственной религией был буддизм). В апреле 1869 года император Мэйдзи лично провёл богослужение в церемониальном зале дворца, в ходе которого перед пантеоном ками принёс присягу, придав тем самым официальный статус союзу синтоизма и японского государства.
В 1871 году храмы получили статус государственных учреждений, были организованы в иерархическую систему в соответствии со степенью их близости императорскому дому и поступили под прямое государственное управление. Для государственных храмов была упразднена система наследственного священничества; священнослужители стали государственными служащими, деятельность которых контролировалась департаментом. Лишь в тех храмах, которые не вошли в государственную систему, передача сана по наследству сохранилась. В 1872 году была национализирована вся собственность монастырей. В 1875 году на основе сборника «Энгисики» был утверждён официальный перечень ритуалов и церемоний для храмов всех уровней.
Департамент Синтоизма впоследствии претерпел многочисленные организационные изменения, его разделяли, выделенные части объединяли, вводили в уже существующие государственные организации и учреждения. Одной из причин многочисленных реорганизаций было то, что долгое время не удавалось найти приемлемую организационную форму для обеспечения сосуществования ставшего государственным синтоизма с буддизмом и теми синтоистскими общинами, которые не пожелали войти в государственную систему религиозного управления. Хотя первоначально планировалось ограничить влияние буддизма и обеспечить полную управляемость синтоистского сообщества, на практике это осуществить не удалось, и уже с 1874 года было официально разрешено существование независимых синтоистских общин («сект») и буддийских объединений верующих, причём и тем, и другим не возбранялась пропаганда своих идей.
Государственный синтоизм просуществовал до 1945 года. После оккупации Японии американскими войсками одной из первых директив оккупационной власти была «директива о синтоизме», согласно которой запрещалась любая поддержка синтоизма со стороны государства и пропаганда синтоизма государственными служащими. Государственные органы религиозного контроля были распущены, храмы перешли в прежнее состояние — общественных организаций, не связанных с государством. На этом история государственного синтоизма завершилась.
Положения об отделении религии от государства были закреплены в Конституции Японии, принятой в 1947 году.