В период становления государственного синтоизма в Японии некоторые синтоистские общины не вошли в официальную государственную систему религиозного управления и остались существовать обособленно. Эти общины получили официальное наименование «секты». В предвоенной Японии таких сект насчитывалось тринадцать. Сектантский синтоизм неоднороден, но в целом отличался упором на принципы нравственного очищения, конфуцианской этикой, обожествлением гор, практикой чудотворных исцелений и возрождением древних синтоистских обрядов.
Сектантский синтоизм до окончания Второй мировой войны находился под управлением специального ведомства в правительстве Мэйдзи и имел отличительные черты от государственного по своему юридическому статусу, организации, имуществу, обрядам. После принятия в 1945 году Директивы о синтоизме, а в 1947 году — новой японской Конституции, провозглашающей отделение церкви от государства, ведомственный контроль был упразднён, а секты объединились в общественную организацию Нихон Кёха Синто Рэммэй — Федерацию синтоистских сект.