Современный храмовый синтоизм, в соответствии с общими принципами поддержания духа гармонии, единства и сотрудничества, декларирует принципы терпимости и дружелюбия по отношению ко всем другим религиям. На практике взаимодействие синтоистских организаций с другими церквами действительно имеет место на всех уровнях. Ассоциация синтоистских храмов входит в Нихон Сюкё Рэнмэй (Лигу японских религий), наряду с Дзэн Ниппон Буккё Кай (Японской буддийской федерацией), Нихон Кёха Синто Рэнмэй (Федерацией синтоистских сект), Кирисутокио Рэнго Кай (Комитетом христианских объединений) и Син Ниппон Сюкё Дантай Рэнго Кай (Союзом новых религиозных организаций Японии). Для поддержки взаимодействия со всеми японскими религиозными объединениями на местном уровне существует Нихон Сюкё Кёрё Кёги Кай (Японский совет межрелигиозного взаимодействия), Ассоциация поощряет участие в этом совете местных синтоистских храмов.
Храмовый синтоизм рассматривает свою веру и свои храмы как нечто совершенно особенное, специфически японское и коренным образом отличающееся от веры и церквей иных религий. Вследствие этого, с одной стороны, не порицается и считается в порядке вещей двоеверие, когда прихожане синтоистских храмов одновременно являются буддистами, христианами или последователями других ветвей синтоизма, с другой — лидеры храмового синтоизма с некоторой осторожностью подходят к межрелигиозным контактам, особенно на международном уровне, высказывая опасение, что слишком широкое развитие таких контактов может привести к признанию синтоизма такой же религией, как любая другая, с чем они категорически не согласны.