В советское время кадры мусульманского духовенства России в основном готовили в расположенном в Бухаре медресе «Мир-Араб», а также в Исламском институте имени имама Аль-Бухари в Ташкенте.
Становление современной системы религиозного образования в России началось открытием в 1988 г. медресе «Исмаилия» при московской Соборной мечети, в 1989 г. медресе имени имама Ризаутдина Фахретдина в Уфе и основанием в 1990 г. Закабаного медресе (впоследствии Казанское высшее мусульманское медресе имени 1000-летия ислама). До 1991 г. начальные и средние медресе появились в Дагестане и Чечне.
В 1990-е годы возникали многочисленные самодеятельные кружки, центры по изучению основ ислама. Тысячи молодых мусульман из России отправились на обучение в зарубежные исламские учебные заведения. Возвратившиеся на родину выпускники зарубежных исламских университетов часто предъявляют более жесткие требования к единоверцам в отношении соблюдения обрядов, подчеркивают «неполноценность» местного ислама. В самой России на средства благотворительных фондов, прежде всего саудовских, были открыты десятки учебных заведений, которые также вели обучение по отличающимся от российских программам.
3 марта 2005 г. на заседании Совета муфтиев России было принято решение о создании Совета по исламскому образованию, который принял Единый образовательный стандарт по исламскому религиозному высшему образованию. В нём была дана характеристика специальности «Исламское богословие». При получении этой специальности присваивалается квалификация «проповедник-богослов (имам-хатыб), преподаватель».
Всего по состоянию на начало 2007 г. в России насчитывалось 75 зарегистрированных средних и высших мусульманских учебных заведений; их общее число составило 229 (26 высших учебных заведений и 203 средних).[1]
В конце 2006 года при участии Управления внутренней политики Администрации Президента РФ был создан Фонд поддержки исламской культуры, науки и образования.[18] Распоряжением Правительства Российской Федерации № 775-р от 14.06.2007 г. был утвержден План мероприятий по обеспечению подготовки специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама в 2007—2010 годах. Задачей этих мероприятий является подготовка достаточного количества лояльных государству специалистов для работы в исламских религиозных объединениях (священнослужителей, преподавателей исламских учебных заведений, служащих аппаратов духовных управлений и издательств) для противодействия дальнейшему распространению радикального ислама. На эти цели было предусмотрено из федерального бюджета значительных средств и член Общественной палаты по образованию г. Москвы доктор юридических наук Игорь Понкин осудил это.[19]