Богословські трактати Боеція постали від 519 по 523 роки[338], про які пригадував Кассіодор. На думку св. Томи ці трактати слід подавати в такій систематичній послідовності:
“Доктрина Боеція поділяється на три частини. Перша має за свій предмет Тройцю Осіб, від процесії якої походить всяке інше народження або проходження: у книзі яку маємо в руках, Боецій веде мову тільки про те, що слід знати довкола Тройці і Єдності; але в іншій книзі, що написана для Йоанна, диякона церкви Рима, і яка починається словами Quaero, an pater, Боецій дискутує у спосіб предикування який вживаємо говорячи про троїчність осіб. Друга частина боецієвської доктрини розглядає проходження добрих сотворінь від доброго Бога і знаходиться у книзі, яка адресована тому самому Йоаннові і зветься De Ebdomadibus що відкривається словами Postulas a me. Третя частина говорить про відкуплення сотворінь шляхом Христа, і поділяється на дві частини: спершу, у книзі під заголовком De fide Christiana і яка починається з Christianam fidem; висувається віра яку навчав Христос і завдяки якій ми оправдані; тоді, у книзі De duabus naturis in una persona Christi, написаній все для того ж Йоанна і яка починається з Anxie te quidem, пояснюється що́ слід думати про Христа, тобто у який спосіб дві природи об’єднуються у одній природі.”[339]
Насправді, історичний розвиток боецієвської теології мав би бути інакшим[340]. Чому ж св. Тома обрав саме таке слідування, випливає з характеру його обгрунтувань. Для нього саме таке систематичне впорядкування трактатів відповідає боецієвському мисленню. А воно, на його думку, полягає у домінуючому логіко-метафізичному викладі його писань[341], та у співжитті “філософської” теології з “історичною”, у значенні гармонії між вірою та розумом. Проте ця гармонія дуже динамічна і плідна, так як і віра та розум співдіють між собою.