За новою систематичною номенклатурою назви ферментів складаються з двох частин. Перша частина вказує на назву субстрату, на який діє фермент, а друга – на природу хімічної реакції, яку він каталізує, з додаванням суфікса -аза.
В основу класифікації ферментів покладено принцип розподілу їх за типами хімічних реакцій, які вони каталізують. На цій основі усі ферменти поділяють на шість класів.
1. Оксидоредуктази – каталізують окислювально-відновні процеси.
2. Трансферази – прискорюють реакції перенесення окремих атомів і груп атомів від одних субстратів до інших.
3. Гідролази – каталізують гідролітичні реакції.
4. Ліази – каталізують процеси відщеплення яких-небудь груп не гідролітичним шляхом з утворенням подвійного зв’язку або, навпаки, приєднання відповідних груп атомів по місцю подвійного зв’язку.
5. Ізомерази – прискорюють процеси ізомеризації органічних сполук.
6. Лігази (синтетази) – каталізують реакції синтезу, які пов’язані з використанням енергії АТФ та деяких інших трифосфатів.
Класи ферментів поділено на підкласи, а останні – на підпідкласи. До підпідкласу входять уже окремі представники ферментів.