Ферменти класу ізомераз каталізують внутрішньо молекулярне перетворення органічних сполук в їх ізомери. Відомо шість підкласів ізомераз.
5.1. Рацемази і епімерази. Ці ферменти каталізують реакції інверсії асиметричних груп у молекулах різних речовин.
5.2. Цис-транс-ізомерази. До цього підкласу належать ферменти, які змінюють геометричну конфігурацію відповідних груп (радикалів) відносно подвійного зв’язку.
5.3. Внутрішньо молекулярні оксидоредуктази. Цей підклас ферментів прискорює реакції взаємоперетворення альдоз і кетоз.
5.4. Внутрішньо молекулярні трансферази (мутази). Вони каталізують перенесення фосфатних, ацильних або інших груп атомів у молекулі з одного положення в інше.
6. Лігази (синтетази)
До цього класу належать ферменти, які каталізують синтез складних органічних сполук з більш простих за рахунок енергії розщеплення АТФ та інших трифосфатнуклеотидів. Залежно від характеру дії лігази поділяються на такі підкласи.
6.1. Лігази, які утворюють С–О-зв’язки. Цей підклас ферментів каталізує реакції приєднання амінокислот до відповідних т-РНК, внаслідок чого утворюються сполуки, які називаються аміноацил-т-РНК.
6.2. Лігази, які утворюють С–S-зв’язки. До цього підкласу належать ферменти, що каталізують приєднання різних ацилів до коензиму А.
6.3. Лігази, які утворюють С–N-зв’язки. Найважливішими ферментами цього підкласу є пептидсинтетази, які прискорюють реакції утворення пептидних зв’язків.
6.4. Лігази, які утворюють С–С-зв’язки. Характерними представниками цього підкласу ферментів є карбоксилази, які каталізують реакції карбоксилювання.