Зараз ферменти виявлено в усіх структурних компонентах клітини. Різновидність їх в тих чи інших органелах залежить в основному від функцій органел і природи хімічних процесів, які в них відбуваються. Так, у мітохондріях, де протікають аеробні процеси, що забезпечують клітину енергією, зосереджено всі ферменти і кофактори дихального ланцюга, а також ферменти окислювального фосфорилювання, які беруть участь в утворенні АТФ. У цих структурних компонентах клітини локалізовано також ферменти циклу ди- і трикарбонових кислот та ферменти b-окислення жирних кислот.
Ферменти циклу утворення сечовини зосереджено в різних органелах. Так, орнітин (карбамоїлтрансфераза) і більшу частину карбаматкінази зосереджено в мітохондріях, а два інших ферменти цього циклу (аргініносукцинат-ліаза та аргініносукцинат-синтетаза) знаходяться в цитоплазмі. Для завершення циклу, очевидно, має місце зустрічний транспорт орнітину і цитруліну крізь мембрану мітохондрій.
Досить важливим компонентом клітини є ядро. В ньому відбувається синтез різних нуклеотидів і окремих видів нуклеїнових кислот. Вважають, що в ядрі зосереджені такі ферменти, як НМФ-аденіліл-трансфераза, ДНК-полімераза І, ДНК-полімераза ІІ тощо. У рибосомах зосереджено ферменти, що беруть участь у синтезі нуклеїнових кислот. Різні ферменти класу гідролаз локалізовані переважно в лізосомах, де відбуваються процеси деструкції органічних сполук до тих структурних одиниць, з яких вони побудовані. Важливою функцією лізосом є постачання ферментів для внутрішньо- і позаклітинного використання.
До ферментів, які перебувають у розчиненому стані в цитоплазмі, належать ферменти гліколізу, біосинтезу ліпідів, вуглеводів, амінокислот та ін.
Отже, в клітинах організму має місце відповідна локалізація ферментів у певних її структурах, в яких відбуваються реакції. Необхідно відмітити, що всі біохімічні реакції і процеси, які відбуваються в клітині, скоординовані між собою. Це забезпечує нормальну життєдіяльність різних органів і тканин, а також організму в цілому.