Количественный РЭА проводят методом градуировочного графика, РСМА методом внешнего стандарта. В анализе по методу внешнего стандарта интенсивность линии определяемого элемента сравнивается с интенсивностью этой линии в спектрах стандартных образцов с известным содержанием. Отношение интенсивности линий принимается равным отношению концентраций элемента. В методах внутреннего стандарта сравнивается интенсивность линий определяемого элемента с линией стандартного, специально введенного в пробу элемента в точно известном количестве. Сравниваемые линии должны иметь близкие потенциалы возбуждения, т. е. близкие длины волн и не слишком сильно различаться по интенсивности. Удобным стандартным элементом является соседний элемент периодической системы. В количественном РФА используют упрощенную формулу зависимости интенсивности рентгенофлуоресцентной линии i-го элемента (If,i) от его содержания (ci) можно записать следующим образом:
If,I = kmiPiIpci
k-коэф., учитывающий величину скачка поглощения, влияние атомов других элементов, геометрические факторы, m-массовый коэф. Поглащения первичного излучения атомами i-го элемента, Рi-вероятность флуоресцентной релаксации возбужденного атома, Ip-интенсивность первичного рентгеновского излучения.