Особенно знаменательно, что транспозоны прокариот и эукариот могут иметь эпигеноподобную организацию. В транспозоне Тп3 у бактерий ген R имеет две функции: действует как репрессор транскрипции гена, ответственного за синтез транспозазы, от которой зависит подвижность данного МГЭ, и как репрессор собственной транскрипции (Хесин, 1984). В итоге в этой системе возможен колебательный режим, который ограничивает неограниченную транспозицию.
Транспозон Тп10 у бактерий тоже можно рассматривать как однокомпонентный эпиген. Регуляторная связь здесь воплощается на уровне взаимодействия РНК — РНК. В транспозоне есть два противоположно ориентированных промотора, перекрывающихся на участке в 36 п. н. В результате ингибируется трансляция гена, кодирующего транспозазу (Хесин Р. Б., 1984).
Эпигенный принцип регулирования характерен и для таких мобильных элементов эукариот, как Р-транспозон у дрозофилы и Spm у кукурузы (Rio, 1990; Gierl, 1990; Fedoroff, Masson, Banks, 1989). Р-транспозон у дрозофилы среди мобильных элементов эукариот является своеобразным чемпионом по подвижности. Он обладает способностью встраиваться в самые разные участки хромосом и в настоящее время является универсальным вектором, на основе которого создаются искусственные генно-инженерные конструкты и проводятся опыты по трансгенозу (Rio, 1990). В природных популяциях естественная активация Р-элементов вызывает вспышки мутаций в локусах-мишенях (Голубовский, Беляева, 1985).
Эпигенная регуляция Р-транспозона была открыта при анализе его поведения в ситуации гибридного дисгенеза. В линиях Р-цитотипа в хромосомах есть один или несколько активных Р-элементов, а в цитоплазме — репрессор их транспозиции. В линиях М-цитотипа, куда относится абсолютное большинство лабораторных линий, в хромосомах нет активных Р-копий, а в цитоплазме нет Р-репрессора. У гибридов от скрещивания самок М-цитотипа с самцами из Р-линий (но не наоборот!) наблюдается ряд отклонений, названных гибридный дисгенез: массовая транспозиция Р-элемента, сопровождаемая вспышкой мутаций, поломками хромосом и стерильностью.
Р-транспозон является авторегуляторным однокомпонентным эпигеном. Концы транспозона обрамлены короткими обратными повторами в 31 п. н., от которых зависит способность к перемещениям, активируемая собственной транспозазой. Транспозон включает одну единицу транскрипции и один ген, но в силу альтернативного сплайсинга этот ген кодирует два разных продукта. В генеративных клетках образуется ДНК-связывающий белок — транспозаза с молекулярным весом 87 килодальтон. Транспозаза имеет сродство к собственной промоторной области. В соматических клетках сплайсинг дефектен, образуется "усеченный" белок-в 66 кДа. Он является репрессором, и поэтому там транспозон неподвижен.
Репрессия подвижности элемента происходит на уровне транскрипции, как показали опыты с внедрением в геном дрозофилы бактериального гена–репортера, несущего Р-промотор. Однако не исключено, что негативная авторегуляция возможна и на уровне сплайсинга или кооперативных белковых взаимодействий. Репрессор накапливается в овоцитах и способен передаваться в течение ряда поколений, с чем связывают материнскую наследственность при гибридном дисгенезе (Rio, 1990).
Эпигенная организация МГЭ действует как авторегулятор, приводя к самоограничению количества "эгоистичных", способных к безудержному размножению потенциально мобильных фракций ДНК.
Транспозон Spm у кукурузы имеет сложную систему авторегуляции своей подвижности, которая зависит от уровня транскрипции гена транспозазы, входящего в состав этого элемента. Регуляторная зона Spm состоит из двух районов общей длиной около 500 п. н., расположенных один слева, а другой — справа от старта транскрипции. Эти участки образованы повторами, которые способны метилироваться и блокировать транскрипцию. Чем больше повторов метилировано, тем ниже уровень траскрипции транспозона. Транспозаза, кодируемая Spm, способна связываться с этими участками и, таким образом, предотвращать их метилирование, выступая в роли позитивного авторегулятора. Когда образуется избыток транспозазы, она становится негативным авторегулятором за счет связывания с повтором, перекрывающим промотор (Fedoroff, et al., 1995).