рефераты конспекты курсовые дипломные лекции шпоры

Реферат Курсовая Конспект

RNAP Toprim

RNAP Toprim - раздел Биология, Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев Рис. 2.18. Доменная Организация Праймазы Dnag E. Coli. I – До...

Рис. 2.18. Доменная организация праймазы DnaG E. coli.

I – домен связывания с ДНК, II – центральный каталитический домен, III - линкерный домен, IV – домен взаимодействия с другими белками.

1-6 – консервативные участки бактериальных и фаговых праймаз, RNAP – участок гомологии с РНК-полимеразами, Toprim - область гомологии с ДНК-топоизомеразами

 

Рентеноструктурный анализ белка DnaG не обнаружил структурного сходства с известными РНК-полимеразами, но подтвердил основанную на первичной последовательности гомологию праймазы с ДНК-топоизомеразами. Центральная часть каталитического домена DnaG имеет укладку типа Toprim, характерную для топоизомераз классов 1 и 2 (см. 2.5). Этот домен имеет форму гребня и содержит центральную b-слой, окруженную несколькими a-спиралями (рис. 2.19). На вершине этой структуры находятся остатки асп, связывающие Mg2+ и необходимые для катализа. Впадина домена Toprim может слабо связывать дуплекс ДНК-РНК длиной 10 п.н. В этом канале расположен и остаток лиз241 из сегмента RNAP гомологии с РНК-полимеразами. Домен II через гибкий линкерный домен III в области остатка 400 соединен с уникальным для бактериальных праймаз С-концевым доменом IV. Последний участвует во взаимодействиях белка DnaG с другими компонентами аппарата репликации. В частности, последние 16 С-концевых остатков DnaG необходимы для взаимодействия с N-концевым доменом ДНК-геликазы DnaВ и участвуют в вербовке DnaG в репликативную вилку. Прямой физический контакт с DnaВ обеспечивает попадание расплетенной геликазой нити ДНК сразу к активному центру DnaG и стимулирует праймазную активность.

Рис. 2.19. Трехмерная структура активного фрагмента праймазы DnaG E. coli

с разрешением 2,9 Å.

Отмечены положения домена Toprim гомологии с топоизомеразами и остатков активного центра праймазы.

Эукариотические праймазы являются интегральными компонентами бифункционального фермента ДНК-полимераза a -праймаза (см. 1.00) и состоят из 2 субъединиц р55 и р48 с мол. м. 55 и 48 кД (у человека). Белки р55 и р48 образуют прочно ассоциированный комплекс, в формировании которого участвуют N- и C-концевые домены р55. Субъединица р55 имеет сигнал ядерной локализации и способна направлять субкомплекс р55-р48 в ядро независимо от полимеразного субкомплекса. Субъединица р55 участвует в ассоциации праймазного субкомплекса с главной субъединицей р180 ДНК-полимеразы a. Кроме того, белок р55 может связываться с онДНК и с дуплексом ДНК-РНК, образовавшися после синтеза праймерной РНК.

Каталитической субъединицей праймазы является белок р48, который связывается с онДНК и катализирует образование фосфодиэфирных связей в РНК. Кристаллическая структура этой субъединицы пока не установлена.Однако есть основания полагать, что белок р48 относится к тому же семейству Х нуклеотидилтрансфераз, что и ДНК-полимераза b. Гомология последовательностей праймазы р48 и ДНК-полимеразы b позволяет предположить, что праймаза имеет конформацию кисти руки и содержит в субдомене ладони каталитическую триаду остатков асп109, асп111 и асп306, связывающих Mg2+. Таким образом бактериальные и эукариотические праймазы не похожи друг на друга ни по первичной, ни по третичной структуре. Тем не менее, сохранение триад кислых остатков показывает, что молекулярный механизм каталитической стадии у этих двух типов геликаз одинаков и состоит в опосредованной 2 катионами Mg2+ нуклеофильной атаке 3’-гидроксила растущего конца РНК на фосфодиэфирную связь в рНТФ, как и в случае ДНК-полимераз и типичных РНК-полимераз.

Праймаза DnaG инициирует синтез затравок РНК преимущественно (в 60% случаев) на тринуклеотидном сайте 3’-GTC в матричной нити ДНК. В геноме E. coli имеются 205 тысяч таких сайтов на среднем расстоянии »23 н. друг от друга, чего достаточно для быстрой инициации синтеза РНК всех фрагментов Оказаки. Праймазы фагов Т7 и Т4 инициируют синтез праймерных РНК на других триплетах: 3’-T(C/T)G 3’-GTC соответственно. Различная специфичность этих праймаз частично объясняется разной структурой петли длиной 17 н. в мотиве цинкового пальца.

Первый остаток G в сайте инициации существенен только для узнавания стартового сайта белком DnaG и не используется для включения нуклеотида в РНК. Синтез праймерной РНК de novo начинается на напротив второго остатка Т. На растущем 3’-конце РНК вначале образуется динуклеотид AG. Эта стадия, как и при инициации транскрипции РНК-полимеразами, является лимитирующей скорость синтеза праймера. Последующие 10 фосфодиэфирных связей образуются гораздо быстрее, и праймаза DnaG синтезирует затравку РНК длиной 11±1 н. Этот размер примерно соответствует длине гибрида ДНК-РНК, помещающегося в полости молекулы DnaG. Затем праймаза переходит в дистрибутивную моду и синтез РНК замедляется или прекращается. Обычно это сопровождается вытеснением праймазы с матрицы ДНК, механизм которого мы рассмотрим в главе 4. Короткая затравка РНК предается к ДНК-полимеразе III, которая синтезирует ДНК фрагмента Оказаки. Для эффективного синтеза РНК праймаза DnaG нуждается в физическом контакте с ДНК-геликазой DnaВ.

Аналогично идет синтез праймерной РНК эукариотической праймазой. Однако она не требует для инициации специфических последовательностей в матрице ДНК и обычно начинает синтез напротив пиримидинов, так что на 5’-конце РНК-затравки всегда присутствует пурин. Эукариотическая праймаза в присутствии ДНК-полимеразы a также синтезирует короткие праймерные РНК с «единичной длиной», равной 7-10 н. Вместе с тем, в отсутствие ДНК-полимеразной активности эта праймаза способна элонгировать «единичные» праймеры РНК. Отметим, что бактериальные и эукариотические праймазы являются неточными полимеразами и в среднем включают один ошибочный нуклеотид на 30 н. вновь синтезированной РНК.

 

 

– Конец работы –

Эта тема принадлежит разделу:

Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев

На сайте allrefs.net читайте: Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев...

Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: RNAP Toprim

Что будем делать с полученным материалом:

Если этот материал оказался полезным ля Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:

Все темы данного раздела:

Биосинтез ДНК. Общие определения
  ДНК, служащая первичным носителем генетической информации, является линейным или кольцевым гетерополимером, состоящим из 4 дезоксирибонуклеотидов (dA, dT, dG и dC), соединенных (3’®

A. ДНК дНТФ
    5’

ДНК-полимераза II E.coli
  ДНК-полимераза II (PolII), кодируемая геном polB (dinA), является единственной из ДНК-полимераз E. coli, относящимся к полимерзному семейству В, в которое входят преимуществе

ДНК-полимераза III E. coli
  Главной репликативной ДНК-полимеразой E. coli является многосубъединичный комплекс ДНК-полимеразы III (PolIII). Самая большая каталитическая a-субъединица PolIII длиной 1160

ДНК-полимераза a
Эукариотические ДНК-полимеразы a (Pola) входят в состав состоящего из 4 субъединиц белкового комплекса, в котором две самые большие субъединицы определяют ДНК-полимеразную активность, а две малые с

Главные эукариотические ДНК-полимеразы
  ДНК-поли- мераза (типсемейство) Функции Мол. массы субъединиц в кД Гены (хромосомы) Функции субъединиц

ДНК-полимераза b
  ДНК-полимераза b (Polb) млекопитающих является самой маленькой из известных эукариотических ДНК-полимераз и относится к семейству Х, к которому принадлежит, например, и терминальная

ДНК-полимераза g
ДНК-полимераза g (Polg), кодируемая ядерными генами, является единственной эукариотической ДНК-полимеразой, участвующей в репликации митохондриальной ДНК (мтДНК), которая идет по непрерывному механ

ДНК-полимеразы d и e
Гетеромультимерные ДНК-полимеразы g и e (Polg и Pole) участвуют не только в репликации ДНК, но и в нуклеотидной эксцизионной репарации, эксцизионной репарации оснований, коррекции ошибочно спаренны

ДНК-полимеразы археев
  По ультраструктуре клеток представители третьего домена живых организмов археи (Archaea) похожи на бактерии и относятся к прокариотам. Их метаболические процессы в целом такж

Скользящие зажимы ДНК-полимераз и их погрузчики
  1.4.1. Скользящие зажимы – факторы процессивности ДНК-полимераз   Особый класс субъединиц холоферментов ДНК-полимераз образуют белки-зажим

Погрузчики скользящего зажима
  Кольца олигомерных форм белков DnaN и PCNA являются очень стабильными. Так, константа диссоциации димера DnaB не превышает 50 нМ, а период «полураспада» димерного кольца, надетого н

Общая характеристика геликаз
Геликазами называются ферменты, способные расплетать две комплементарные нити дуплексов нуклеиновых кислот с использованием энергии, полученной при гидролизе 5’-НТФ. Геликазы могут расплетат

Свойства репликативной ДНК-геликазы DnaB E. coli
  ДНК-геликаза DnaB имеет длину 471 аминокислотный остаток (мол. масса 52,4 кД) и кодируется геном dnaB (92-ая мин генетической карты). Количество молекул белка DnaB на клетку

ДНК-геликаза репликативной вилки у эукариотов
  Общее число различных ДНК-геликаз даже у низших эукариотов гораздо больше чем у бактерий. Так, в геноме дрожжей S. cerevisiae около 200 открытых рамок считывания кодируют пре

Механизм действия гексамерных ДНК-геликаз
Рассмотрим рабочие модели нескольких последовательных этапов в каталитическом цикле репликативных гексамерных ДНК-геликаз. Эти модели основаны на экспериментальных данных, но во многих деталях оста

N I II C
Рис. 2.8. Схема организации белка DnaC E. coli. I – область взаимодействия с белком DnaB, II – мотивы связывания АТФ   Количество белка DnaС на клетк

Белки, связывающие однонитевую ДНК
  Однонитевые участки ДНК, появляющиеся в процессах репликации, репарации и рекомбинации ДНК, могут быстро превращаться в нуклеопротеиновые комплексы, полностью покрываясь специальным

Праймазы
  Синтез затравок РНК в процессе образования фрагментов Оказаки при репликации ДНК (преимущественно в отстающей нити) катализируется праймазами – особой разновидностью ДНК-зави

ДНК-лигазы
  ДНК-лигазы катализируют образование фосфодиэфирной связи в однонитевом разрыве (ОР) днДНК между смежными 3’-гидроксильным и 5’-фосфатным концами разорванной нити. Для связыва

Свойства и функции ДНК-топоизмераз
Организм Фермент Ген Поло-жение гена* Длина белка (а.о.) Субъеди-ничная структура Подсе-мейство

Белок-инициатор DnaA
  Белок DnaA играет ключевую роль в инициации репликации хромосомы у многих бактерий. Он последовательно выполняет 3 главные функции: 1) узнает область начала репликации oriC, последо

Минимальная область начала репликации oriC y E.coli
  Область начала репликации (ОНР) oriC является уникальным местом инициации нормальной двунаправленной репликации хромосомы E. coli и расположена на 84-ой мин генетической карт

IHF R5(M)
         

Этапы инициации репликации на ОНР oriC
  Для инициации репликации в ОНР oriC необходимо, чтобы матрица ДНК находилась в сверхскрученной кольцевой форме. Первой стадией инициации является образование начального “преиницииру

Регуляция инициации репликации хромосомы E. coli
  Контроль инициации репликации хромосомы в области oriC имеет два аспекта. Прежде всего, репликация инициируется в фиксированный момент клеточного цикла, через интервалы, равные врем

Области начала репликации (ОНР) ARS и комплекс узнавания ОНР (ORC)
У S. cerevisiae были идентифицированы специфические элементы хромосомной ДНК, названные автономно реплицирующимися последовательностями ARS (autonomously replicating sequences). Встраивание

Этапы пути инициации репликации на ОНР у дрожжей
В конце митоза или в начале фазы G1 клеточного цикла нуклеопротеиновые комплексы ORC-ARS вербуют на ДНК белок Cdc6 c мол. массой 58 кД. Этот белок очень нестабилен и должен синтезировать

Инициация репликации у высших эукариотов
  3.3.1. Белковые компоненты и путь инициации репликации   Гомологи большинства белков S. cerevisiae, участвующих в описанном выше пу

А. В. С.
Рис. 3.10. Электрофоретические картины радиоавтографов рестрикционных фрагментов реплициру

Регуляция инициации репликации в эукариотических клетках
  В эукариотических клетках существует главный регуляторный механизм, делающий инициацию репликации на каждой ОНР возможной один и только один раз за клеточный цикл. Он назван лице

Хотите получать на электронную почту самые свежие новости?
Education Insider Sample
Подпишитесь на Нашу рассылку
Наша политика приватности обеспечивает 100% безопасность и анонимность Ваших E-Mail
Реклама
Соответствующий теме материал
  • Похожее
  • Популярное
  • Облако тегов
  • Здесь
  • Временно
  • Пусто
Теги