Минимальная область начала репликации oriC y E.coli
Минимальная область начала репликации oriC y E.coli - раздел Биология, Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев
Область Начала Репликации (Онр) Oric Является Уникальным Мест...
Область начала репликации (ОНР) oriC является уникальным местом инициации нормальной двунаправленной репликации хромосомы E. coli и расположена на 84-ой мин генетической карты. Минимальная ОНР oriC имеет длину 245 п.н. (рис. 3.2). Секвенирование показало, что ОНР кольцевых хромосом других бактерий являются “множественно мутированными” вариантами oriC E. coli. Минимальные ОНР состоят из нескольких консервативных участков и из участков с одинаковой длиной, но разными последовательностями, которые, подобно участкам между блоками –10 и –35 бактериальных промоторов, играют в ОНР роль неконсервативных спейсеров.
Бактериальные ОРС содержат сайты GATC, остатки А в которых специфически метилируются ДНК-метилазой Dam. Число таких сайтов у разных бактерий составляет от 9 до 14. У E. coli в минимальной ОНР oriC содержатся 11 таких сайтов. Эти сайты, играющие важную роль в регуляции инициации репликации, довольно равномерно распределены по oriC и имеют одинаковую ориентацию.
Минимальная ОНР oriC состоит из 2 модулей. Правые 2/3 занимает модуль взаимодействия с белком DnaA. В этой области содержатся 5 потенциальных сайтов связывания DnaA (сайты R1-R5). Два из этих сайтов (R1 и R4) имеют последовательность ТТАССАСА, совпадающую с консенсусным блоком DnaA, и обладают наибольшим сродством к белку-инициатору. Два других сайта (R2 и R3) отличаются от консенсуса всего в одном положении из 9, но являются более слабыми сайтами связывания DnaA. В центре расположен сайт R5(M), который отличается от консенсусной последовательности в 3 положениях. Пары сайтов R1-R2 и R3-R4 организованы в виде инвертированных повторов. Правая область содержит также потенциальные сайты связывания двух архитектурных гистоноподобных белков E. coli: хозяйского фактора интеграции IHF и фактора стимуляции инверсии Fis.
Левая треть ОНР oriC занята АТ-богатыми последовательностями, в которых происходит плавление днДНК во время инициации. Она состоит из 3 прямых повторов длиной 13 п.н. (“13-меров” L, M и R), каждый из которых начинается сайтом GATC и содержит 9-11 пар А:Т. Кроме того, с 5’-стороны от блока 13-меров расположен участок длиной 12 п.н., из которых 11 являются парами А:Т. Для инициации репликации необходимо специфическое взаимодействие белка DnaA с 13-мерами R и М, в которых допустимы очень немногие замены оснований. Левый 13-мер L можно сильно изменить без утраты oriC способности к инициации, лишь бы этот участок остался АТ-богатым. 5’-фланговая АТ-богатая область также участвует в раскрывании двойной спирали ОНР.
Биосинтез ДНК. Общие определения
ДНК, служащая первичным носителем генетической информации, является линейным или кольцевым гетерополимером, состоящим из 4 дезоксирибонуклеотидов (dA, dT, dG и dC), соединенных (3’®
ДНК-полимераза II E.coli
ДНК-полимераза II (PolII), кодируемая геном polB (dinA), является единственной из ДНК-полимераз E. coli, относящимся к полимерзному семейству В, в которое входят преимуществе
ДНК-полимераза III E. coli
Главной репликативной ДНК-полимеразой E. coli является многосубъединичный комплекс ДНК-полимеразы III (PolIII). Самая большая каталитическая a-субъединица PolIII длиной 1160
ДНК-полимераза a
Эукариотические ДНК-полимеразы a (Pola) входят в состав состоящего из 4 субъединиц белкового комплекса, в котором две самые большие субъединицы определяют ДНК-полимеразную активность, а две малые с
ДНК-полимераза b
ДНК-полимераза b (Polb) млекопитающих является самой маленькой из известных эукариотических ДНК-полимераз и относится к семейству Х, к которому принадлежит, например, и терминальная
ДНК-полимераза g
ДНК-полимераза g (Polg), кодируемая ядерными генами, является единственной эукариотической ДНК-полимеразой, участвующей в репликации митохондриальной ДНК (мтДНК), которая идет по непрерывному механ
ДНК-полимеразы d и e
Гетеромультимерные ДНК-полимеразы g и e (Polg и Pole) участвуют не только в репликации ДНК, но и в нуклеотидной эксцизионной репарации, эксцизионной репарации оснований, коррекции ошибочно спаренны
ДНК-полимеразы археев
По ультраструктуре клеток представители третьего домена живых организмов археи (Archaea) похожи на бактерии и относятся к прокариотам. Их метаболические процессы в целом такж
Погрузчики скользящего зажима
Кольца олигомерных форм белков DnaN и PCNA являются очень стабильными. Так, константа диссоциации димера DnaB не превышает 50 нМ, а период «полураспада» димерного кольца, надетого н
Общая характеристика геликаз
Геликазами называются ферменты, способные расплетать две комплементарные нити дуплексов нуклеиновых кислот с использованием энергии, полученной при гидролизе 5’-НТФ. Геликазы могут расплетат
Свойства репликативной ДНК-геликазы DnaB E. coli
ДНК-геликаза DnaB имеет длину 471 аминокислотный остаток (мол. масса 52,4 кД) и кодируется геном dnaB (92-ая мин генетической карты). Количество молекул белка DnaB на клетку
ДНК-геликаза репликативной вилки у эукариотов
Общее число различных ДНК-геликаз даже у низших эукариотов гораздо больше чем у бактерий. Так, в геноме дрожжей S. cerevisiae около 200 открытых рамок считывания кодируют пре
Механизм действия гексамерных ДНК-геликаз
Рассмотрим рабочие модели нескольких последовательных этапов в каталитическом цикле репликативных гексамерных ДНК-геликаз. Эти модели основаны на экспериментальных данных, но во многих деталях оста
N I II C
Рис. 2.8. Схема организации белка DnaC E. coli.
I – область взаимодействия с белком DnaB,
II – мотивы связывания АТФ
Количество белка DnaС на клетк
Белки, связывающие однонитевую ДНК
Однонитевые участки ДНК, появляющиеся в процессах репликации, репарации и рекомбинации ДНК, могут быстро превращаться в нуклеопротеиновые комплексы, полностью покрываясь специальным
Праймазы
Синтез затравок РНК в процессе образования фрагментов Оказаки при репликации ДНК (преимущественно в отстающей нити) катализируется праймазами – особой разновидностью ДНК-зави
RNAP Toprim
Рис. 2.18. Доменная организация праймазы DnaG E. coli.
I – домен связывания с ДНК, II – центральный каталитический домен, III - линкерный домен, IV – домен взаимодействия с другими
ДНК-лигазы
ДНК-лигазы катализируют образование фосфодиэфирной связи в однонитевом разрыве (ОР) днДНК между смежными 3’-гидроксильным и 5’-фосфатным концами разорванной нити. Для связыва
Белок-инициатор DnaA
Белок DnaA играет ключевую роль в инициации репликации хромосомы у многих бактерий. Он последовательно выполняет 3 главные функции: 1) узнает область начала репликации oriC, последо
Этапы инициации репликации на ОНР oriC
Для инициации репликации в ОНР oriC необходимо, чтобы матрица ДНК находилась в сверхскрученной кольцевой форме. Первой стадией инициации является образование начального “преиницииру
Регуляция инициации репликации хромосомы E. coli
Контроль инициации репликации хромосомы в области oriC имеет два аспекта. Прежде всего, репликация инициируется в фиксированный момент клеточного цикла, через интервалы, равные врем
Этапы пути инициации репликации на ОНР у дрожжей
В конце митоза или в начале фазы G1 клеточного цикла нуклеопротеиновые комплексы ORC-ARS вербуют на ДНК белок Cdc6 c мол. массой 58 кД. Этот белок очень нестабилен и должен синтезировать
Инициация репликации у высших эукариотов
3.3.1. Белковые компоненты и путь инициации репликации
Гомологи большинства белков S. cerevisiae, участвующих в описанном выше пу
А. В. С.
Рис. 3.10. Электрофоретические картины радиоавтографов рестрикционных фрагментов реплициру
Регуляция инициации репликации в эукариотических клетках
В эукариотических клетках существует главный регуляторный механизм, делающий инициацию репликации на каждой ОНР возможной один и только один раз за клеточный цикл. Он назван лице
Хотите получать на электронную почту самые свежие новости?
Подпишитесь на Нашу рассылку
Наша политика приватности обеспечивает 100% безопасность и анонимность Ваших E-Mail
aaagacctgggatcctggg tattaaaaagaagatctatttattt agagatctgttctatt
Новости и инфо для студентов