Области начала репликации (ОНР) ARS и комплекс узнавания ОНР (ORC)
Области начала репликации (ОНР) ARS и комплекс узнавания ОНР (ORC) - раздел Биология, Эукариотические ДНК-полимеразы и ДНК-полимеразы археев У S. Cerevisiae Были Идентифицированы Специфические Элементы Хромосомн...
У S. cerevisiae были идентифицированы специфические элементы хромосомной ДНК, названные автономно реплицирующимися последовательностями ARS (autonomously replicating sequences). Встраивание этих элементов в кольцевые плазмидные ДНК обеспечивает автономную репликацию плазмид в клетках дрожжей. С использованием метода двумерного гель-электрофореза, позволяющего обнаружить репликативные пузырьки ДНК, было показано, что элементы ARS совпадают с сайтами начала двунаправленной репликации ДНК как в содержащих ARS плазмидах, так и в самих дрожжевых хромосомах. Таким образом, последовательности ARS являются функциональными ОНР хромосомной ДНК S. cerevisiae. Эти свойства дрожжевых ОНР значительно облегчили их изучение.
В 16 хромосомах S. cerevisiae содержатся от 250 до 400 ОНР. Все изученные элементы ARS у дрожжей, имеющие модульную структуру, состоят из доменов А и В и имеют длину 100-150 п.н. (рис. 3.5). Домен А содержит консенсусную последовательность, названную ACS (ARS consensus sequence). Элемент ACS длиной 11 п.н. имеет первичную последовательность (A/T)TTTA(T/C)(A/G)TTT(A/T), являющуюся существенной для инициации репликации. Даже одиночные замены нуклеотидов в ACS могут устранить активность ARS. Тем не менее, некоторые известные ARS, содержащие одну и даже две измененные пары нуклеотидов по сравнению с ACS, являются эффективными ОНР. С другой стороны, не каждая последовательность ACS в геноме проявляет активность ОНР в отсутствие других доменов ARS.
Домен В в ARS состоит из 3 элементов. Ближайший к ACS элемент В1 образует вместе с ACS сайт связывания белкового комплекса узнавания ОНР. Богатый остатками А и Т элемент В2 выполняет функцию элемента расплетания ДНК DUE. Репликация ДНК в прототипной хромосомной ОНР ARS1 инициируется примерно посередине между сегментами В1 и В2. Элемент В3 в некоторых ARS связывает фактор транскрипции Abf1 и играет роль вспомогательного элемента AUX, обеспечивающего оптимальную эффективность инициации репликации. Элементы доменов В в различных элементах ARS у дрожжей гораздо менеее консервативны, чем домен А. Наиболее консервативным из них является элемент В1.
В прототипный элемент ARS1 иногда включают и третий домен С, расположенный по другую сторону от ACS и упакованный в уникально позиционированную нуклеосому. Эта нуклеосома, вероятно, понижает вероятность упаковки смежного сайта ACS в другую нуклеосому, которая могла бы подавить активность ARS1.
C последовательностью ACS и смежным сегментом В1 в дрожжевых ARS на протяжении почти всего клеточного цикла связан белковый комплекс узнавания ori (ORC – origin recognition complex). Общее количество комплексов ORC в одной клетке примерно соответствует числу ARS. Этот комплекс состоит из 6 белков, кодируемых существенными генами ORC1-ORC6. Аналогичные комплексы ORC имеются у всех эукариотов (табл. 4.1). Три субъединицы комплекса (Orc1, Orc4 и Orc5) содержат сайты связывания нуклеотидов, как у ДНК-зависимых АТФаз, и относятся к семейству АТФаз ААА+. Самая большая субъединица Orc1 может гидролизовать АТФ in vitro, но в присутствии ДНК ARS гидролиз АТФ предотвращается. По-видимому, как и в случае белка DnaA, связанный АТФ играет в ORC роль аллостерического эффектора, требующегося для специфической ассоциации с последовательностями ДНК ARS, а гидролиз АТФ идет на более поздних стадиях инициации репликации.
Биосинтез ДНК. Общие определения
ДНК, служащая первичным носителем генетической информации, является линейным или кольцевым гетерополимером, состоящим из 4 дезоксирибонуклеотидов (dA, dT, dG и dC), соединенных (3’®
ДНК-полимераза II E.coli
ДНК-полимераза II (PolII), кодируемая геном polB (dinA), является единственной из ДНК-полимераз E. coli, относящимся к полимерзному семейству В, в которое входят преимуществе
ДНК-полимераза III E. coli
Главной репликативной ДНК-полимеразой E. coli является многосубъединичный комплекс ДНК-полимеразы III (PolIII). Самая большая каталитическая a-субъединица PolIII длиной 1160
ДНК-полимераза a
Эукариотические ДНК-полимеразы a (Pola) входят в состав состоящего из 4 субъединиц белкового комплекса, в котором две самые большие субъединицы определяют ДНК-полимеразную активность, а две малые с
ДНК-полимераза b
ДНК-полимераза b (Polb) млекопитающих является самой маленькой из известных эукариотических ДНК-полимераз и относится к семейству Х, к которому принадлежит, например, и терминальная
ДНК-полимераза g
ДНК-полимераза g (Polg), кодируемая ядерными генами, является единственной эукариотической ДНК-полимеразой, участвующей в репликации митохондриальной ДНК (мтДНК), которая идет по непрерывному механ
ДНК-полимеразы d и e
Гетеромультимерные ДНК-полимеразы g и e (Polg и Pole) участвуют не только в репликации ДНК, но и в нуклеотидной эксцизионной репарации, эксцизионной репарации оснований, коррекции ошибочно спаренны
ДНК-полимеразы археев
По ультраструктуре клеток представители третьего домена живых организмов археи (Archaea) похожи на бактерии и относятся к прокариотам. Их метаболические процессы в целом такж
Погрузчики скользящего зажима
Кольца олигомерных форм белков DnaN и PCNA являются очень стабильными. Так, константа диссоциации димера DnaB не превышает 50 нМ, а период «полураспада» димерного кольца, надетого н
Общая характеристика геликаз
Геликазами называются ферменты, способные расплетать две комплементарные нити дуплексов нуклеиновых кислот с использованием энергии, полученной при гидролизе 5’-НТФ. Геликазы могут расплетат
Свойства репликативной ДНК-геликазы DnaB E. coli
ДНК-геликаза DnaB имеет длину 471 аминокислотный остаток (мол. масса 52,4 кД) и кодируется геном dnaB (92-ая мин генетической карты). Количество молекул белка DnaB на клетку
ДНК-геликаза репликативной вилки у эукариотов
Общее число различных ДНК-геликаз даже у низших эукариотов гораздо больше чем у бактерий. Так, в геноме дрожжей S. cerevisiae около 200 открытых рамок считывания кодируют пре
Механизм действия гексамерных ДНК-геликаз
Рассмотрим рабочие модели нескольких последовательных этапов в каталитическом цикле репликативных гексамерных ДНК-геликаз. Эти модели основаны на экспериментальных данных, но во многих деталях оста
N I II C
Рис. 2.8. Схема организации белка DnaC E. coli.
I – область взаимодействия с белком DnaB,
II – мотивы связывания АТФ
Количество белка DnaС на клетк
Белки, связывающие однонитевую ДНК
Однонитевые участки ДНК, появляющиеся в процессах репликации, репарации и рекомбинации ДНК, могут быстро превращаться в нуклеопротеиновые комплексы, полностью покрываясь специальным
Праймазы
Синтез затравок РНК в процессе образования фрагментов Оказаки при репликации ДНК (преимущественно в отстающей нити) катализируется праймазами – особой разновидностью ДНК-зави
RNAP Toprim
Рис. 2.18. Доменная организация праймазы DnaG E. coli.
I – домен связывания с ДНК, II – центральный каталитический домен, III - линкерный домен, IV – домен взаимодействия с другими
ДНК-лигазы
ДНК-лигазы катализируют образование фосфодиэфирной связи в однонитевом разрыве (ОР) днДНК между смежными 3’-гидроксильным и 5’-фосфатным концами разорванной нити. Для связыва
Белок-инициатор DnaA
Белок DnaA играет ключевую роль в инициации репликации хромосомы у многих бактерий. Он последовательно выполняет 3 главные функции: 1) узнает область начала репликации oriC, последо
Минимальная область начала репликации oriC y E.coli
Область начала репликации (ОНР) oriC является уникальным местом инициации нормальной двунаправленной репликации хромосомы E. coli и расположена на 84-ой мин генетической карт
Этапы инициации репликации на ОНР oriC
Для инициации репликации в ОНР oriC необходимо, чтобы матрица ДНК находилась в сверхскрученной кольцевой форме. Первой стадией инициации является образование начального “преиницииру
Регуляция инициации репликации хромосомы E. coli
Контроль инициации репликации хромосомы в области oriC имеет два аспекта. Прежде всего, репликация инициируется в фиксированный момент клеточного цикла, через интервалы, равные врем
Этапы пути инициации репликации на ОНР у дрожжей
В конце митоза или в начале фазы G1 клеточного цикла нуклеопротеиновые комплексы ORC-ARS вербуют на ДНК белок Cdc6 c мол. массой 58 кД. Этот белок очень нестабилен и должен синтезировать
Инициация репликации у высших эукариотов
3.3.1. Белковые компоненты и путь инициации репликации
Гомологи большинства белков S. cerevisiae, участвующих в описанном выше пу
А. В. С.
Рис. 3.10. Электрофоретические картины радиоавтографов рестрикционных фрагментов реплициру
Регуляция инициации репликации в эукариотических клетках
В эукариотических клетках существует главный регуляторный механизм, делающий инициацию репликации на каждой ОНР возможной один и только один раз за клеточный цикл. Он назван лице
Хотите получать на электронную почту самые свежие новости?
Подпишитесь на Нашу рассылку
Наша политика приватности обеспечивает 100% безопасность и анонимность Ваших E-Mail
Новости и инфо для студентов