Реферат Курсовая Конспект
Мутант имеет лентовидный лист, на котором формируются почки, рецессивная мутация, получена на расе Blanes К-6 - раздел Биология, Позиционное Выделение Нового Гена Taeniata In Silico...
|
ПОЗИЦИОННОЕ ВЫДЕЛЕНИЕ НОВОГО ГЕНА TAENIATA IN SILICO
Мутант имеет лентовидный лист, на котором формируются почки, рецессивная мутация, получена на расе Blanes (К-6)
|
Рецессивная мутация, на узких листьях появляются лопасти и новые побеги.
Задание 1. Сформулируйте гипотезу о функции гена. Назовите мутант в соответствие с правилами номенклатуры. Поищите мутанты сходного фенотипа в банках и запланируйте тест на аллелизм. Как вы его будете осуществлять?
Функция-негативный регулятор пролиферации клеток меристемы листа.
Мутант tae- (или tll- (Taenia-like leaf))
В банках схожий фенотип у мутантов bop2, as1
Тест на аллелизм : tae- tae-Х bop2- bop2-
Если все растения F1 от скрещивания имеют дикий(нормальный) фенотип, то мы имеем мутации в разных генах. Полученную гетерозиготу можно скрестить с одним из исходных мутантов. При выщеплении дикого типа делаем вывод о том, что это разные гены. Если анализировать поколение от скрещивания гетерозигот дикого типа, то при расщеплении 10:6 будем иметь межаллельную комплиментацию, а значит, один ген.
Задание 2. К сожалению, у Вас нет никаких данных о хромосоме, где находится Ваш ген. Поэтому Вы начинаете сразу работать с ДНК-маркерами ко всем 5 хромосомам арабидопсис. На первом этапе Вы ищите те ДНК-маркеры, которые будут информативны. Перед Вами результаты электрофереза продуктов рестрикции с одним из ДНК-маркеров для рас Dijon (К1), Columbia (К8), линии Ler, расы Enkheim (K2), Blanes (K6) и рядом маркерных линий (К310б mm1R, mmiL). Какие расы/линии следует использовать в скрещивании с Вашим мутантом.
Аналогичный анализ сделан и по другим маркерам. Картина разная. Что делать? С чем скрещивать?
Полиморфизм имеем между нашей расой Blanes и Columbia (К8), К310. Для этого маркера проводим скрещивание наших мутантов и одной из полиморфных линий, из анализа гибридов делаем выводы о степени сцепления гена и маркера. Для других маркеров подобная логика.
Задание 3. Опишите последовательные этапы работы по молекулярно-генетическому картированию (начиная, от выбора родительских рас для скрещиваний). Не забудьте посчитать выборку, работая с которой Вы сможете найти рекомбинантов между вашим геном и маркером, который тесно сцеплен с ним (1сМ, 0.5сМ, 0.2сМ, 0.1сМ) и указать, с из каких фенотипических классов растений Вы будете выделять ДНК.
Расы для скрещивания с нашим мутантом должны иметь полиморфизм по маркерам. Для начала следует определить группу сцепления признака, для чего используем маркеры к разным хромосомам. Далее определяем расположение на хромосоме, грубое картирование с использованием маркеров, расположенных равномерно на большом расстоянии друг от друга. После определения примерного расположения локуса, проводим тонкое картирование. Для этого используем молекулярные маркеры, расположенные в ранее определенном участке хромосомы на небольшом расстоянии друг от друга (4-6сМ).
КРОС | R | Q | n |
0,01 | 0,00495 | 0,99505 | 603,6993 |
0,005 | 0,002488 | 0,997513 | 1202,816 |
0,002 | 0,000998 | 0,999002 | 3000,238 |
0,001 | 0,0005 | 0,999501 | 5995,964 |
ДНК выделяем из организмов F2 с фенотипом tae-.
Задание 4. В таблице результаты анализа полиморфизма ДНК по 5 ДНК-маркерам к разным хромосомам. ДНК выделяли из мутантов из F2. Есть ли сцепление? С какой хромосомой?
Результаты анализа расщепления в поколении F2
Маркер | Хромосома | Число рекомбинантных растений | Число нерекомбинантных растений | Число рекомбинантных и нерек. хромосом | Частота рекомбинаций (%) |
PT14 primer1:GATCGATCGATAAAAAGCAAGGTCC primer2:TGGTTCGTCTCTTGACAAATC | 6 гетерозигот, 2 гомозиготы | Рек=10 Нерек=14 | 0.4 | ||
T20D163 | 2 гетерозиготы и 1 гомозигота | Рек=4 Нерек=24 | 0.14 | ||
TSA1 | 6 гетерозигот и 4 гомозиготы | Рек=14 Нерек=10 | 0.58 | ||
ATMYB3R | 8 гетерозигот и 2 гомозиготы | Рек=12 Нерек=12 | 0.5 | ||
AT5G06720 | 6 гетерозигот и 3 гомозиготы | Рек=12 Нерек=12 | 0.5 |
Сцепление со 2 хромосомой
Задание 5. Пользуясь базой TAIR, определите где локализованы эти ДНК-маркеры, созданные к разным генам для картирования гена TAE. Напишите названия генов и их положение на RI-карте. Укажите размер ПЦР-продукта
Праймеры, использованные для картирования
Ген и его локализа-ция | Размер ПЦР-продукта | Последовательность нуклеотидов |
2 хромосома AT2G31751.1 13499341…13502114 bp Между ASP1 и SGCSNP210, т.е между 62.78 63.18 сМ 63,13…63,13сМ примерно | праймер 1: AACAAAGAAGCTTCCAAGC праймер 2: ATACTTATGCTGACCGAGTCG | |
AT2G34710.1 (ATHB14, PHABULOSA, PHABULOSA 1D, PHB, PHB-1D) 14639323…14644273 bp Между VE016 и M323. 67.66 и 67.97. 67,70070068…67,70723939сМ | праймер 1: AGTTGCGCGAAATAGCGACTA праймер 2: ATGATGGTCCATTCGATGAGC | |
AT2G34650.1 (ABR, ABRUPTUS, PID, PINOID) 62.00-62.00 | праймер 1: TATTGCTCCGGTGGTGATGTA праймер 2: TAAGAACAGGTCTGTTCTTGCAG | |
AT2G38120.1 ( ATAUX1, AUX1, AUXIN RESISTANT 1, MAP1, MODIFIER OF ARF7/NPH4 PHENOTYPES 1, PIR1, WAV5, WAVY ROOTS 5) 15972993…15977180bp Между LTP и VE018,72.27 и 69.73. 71,495…71,506сМ | праймер 1: TTCACGCTAACGATTCCGTCA праймер 2: ATTCAACACGTACATCGCCG | |
AT2G41370.1 (ВОР2) 17237744…17240440bp GLU2 и ATGST6 94.03 cM и87.48cM 93,85сМ | праймер 1: GATGCATGTCTTGCTTTCTTGA праймер 2: GAGCAATCTTGAAGAATCTTTGAG |
Если положение маркера на RI-карте не определено, попробуйте определить его примерно на основании информации о положении на генетической и физической картах ДНК-маркеров, фланкирующих выбранный. Как Вы будете определять положение Вашего маркера на RI-карте – опишите логику.
Ищем маркеры, фланкирующие интересующий нас локус, расположение которого известно и на физической, и на генетической картах. Пересчитываем размер в парах оснований для данного участка в сМ, из чего находим предполагаемое положение нашего локуса на генетической карте.
Нарисуйте совмещенную карту интересующего участка с указанием всех параметров
Задание 6.
Для выделения ДНК использовали растения F2 поколении, гомозиготные по исследуемой мутации. Перед Вами результаты анализа (таблица). Рассчитайте расстояние до маркера. Поправку Касамби использовали? Заполните пустующие ячейки в таблице.
Результат молекулярного картирования гена TAE
Маркер | MSU-T20D163 | MSU-COP1 63.34-63.34 cM 13977933 - 13983535 bp | MSU-PHB 14639323 - 14644273 bp | MSU-PID 62.0-62.0 cM 14589760 - 14591788 bp | MSU-AUX1 66.0-66.0 cM 15972993 - 15977180 bp | MSU-BOP2 17237745 - 17240440 bp |
Положение на классической карте,сМ | 60.0 | 62.0 | 66.0 | 94,17 | ||
Растений, несущих маркер Dijon | ||||||
Растений, несущих маркер Blanes | ||||||
Растений, несущих маркер Dijon и Blanes | ||||||
Проанализировано хромосом | ||||||
Рекомбинантных хромосом | ||||||
Расстояние по классической карте,сМ | 17,8 | 2,8 | 1,85 | 1,85 | 3,77 | 4,76 |
18,68 |
– Конец работы –
Используемые теги: Мутант, имеет, лентовидный, Лист, котором, формируются, почки, рецессивная, мутация, получена, расе, Blanes, К-60.127
Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: Мутант имеет лентовидный лист, на котором формируются почки, рецессивная мутация, получена на расе Blanes К-6
Если этот материал оказался полезным для Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:
Твитнуть |
Новости и инфо для студентов