Одна из проблем, которая стоит перед экологической генетикой – это изучение накопления в окружающей среде и генетической активности мутагенных факторов, которые могут представлять опасность для здоровья нынешнего и грядущих поколений человечества. На основании исследований должны быть сделаны научно-обоснованные прогнозы того, что может произойти с наследственностью человека, и рекомендованы мероприятия которые позволили бы свести к минимуму вредные генетические последствия изменения химического состава биосферы.
Друга проблема, или можно сказать даже задача – это изучение эволюционных процессов, происходящих под воздействием человека с невиданной раньше скоростью.
Третья проблема – это сохранение генетических ресурсов животного мира. Речь идет как об одомашненных организмах – культурных растениях и домашних животных, так и о многих тысячах диких видов, которым грозит исчезновение. И здесь на помощь приходит генная инженерия. Генетически аппарат любого организма можно легко и дешево "клонировать".