Основные окрасы породы – черный и тигровый с белыми отметинами и воротником. Симметричность пятен является важным породным признаком. Литтл (1957) считает, что такой окрас можно получить, отбирая собак, имеющих ирландскую пятнистость с максимальной экспрессией. В этом случае, ирландская пятнистость имеет тенденцию к симметричности, тогда как просто пегие собаки не имеют такой возможности. Литтл (1957) отмечает, что появление почти белых собак в этой породе получается в результате накопления гена sw. Из этого следует, что некоторые типично окрашенные бостон-терьеры могли бы быть Ssw. Некоторые черные особи являются результатом действия гена As, другие выглядят черными, хотя на самом деле – это просто сильно затемненные тигровые (Ebr).
| Окрас | Генотип |
| Черный | As---si- |
| Тигровый | Ay-Ebr-si- |