Похоже, что сенбернар имеет соболиный окрас с варьирующим затенением. Неизменно присутствует четко выраженная черная маска. Белая пятнистость «воротникового» типа. Причем расположение отметин является характеристикой породы. Постоянство их расположения говорит о наличии sisi. Однако, встречаются более пятнистые собаки, что свидетельствует о наличии в породе гена пегости sp. Шерсть может быть как короткой, так и длинной. Генотипы этих двух форм: Ay -L-si – и Ay –llsi – соответственно.