Бұршақ өсімдігін дигибридті будандастырудың негізінде Мендель тәуелсіз тұқым қуалау деп аталатын тағы бір аса маңызды заңдылықты ашты. Ол тұқымы сары тегіс бұршақпен жасыл бұдырлы бұршақты будандастырды. Сонда бірінші буында алынған будан ұрпақтың барлығы да біркелкі сары тегіс болып шыққан. Екінші буында белгілердің ажырау сипаты моногибридтіге қарағанда біршама күрделірек болады. Мұнда алынған барлығы 556 тұқымның 315-сары тегіс, 101 сары бұдырлы,108 жасыл тегіс, ал 32 жасыл бұдырлы болып шықты. Сонда бұл сандардың ара қатынасы
9 : 3; 3:1 қатынасына сәйкес келеді.
Дигибридті будандастыру кезіндегі құбылыстың мәні мынада: F1-дегі будан өсімдік дамып қалыптасатын зиготада төрт түрлі ген болады. Олар ата-ананың біреуінен берілетін тұқымның сары түсін анықтайтын (А) және оның тегістігін анықтайтын (В) доминантты гендері, ал екіншісінен - жасыл түстің (а) және бұдырлылықтың (а) рецессивті гендері. Сонда, ол зиготаның генотипі АаВв болып келеді оны қос немесе дигетерозигота деп атайды. Мұндай организмнен 4 түрлі-АВ,Ав,аВ және ав гаметалар түзіледі. Әр типті гаметалардың үйлесімін есептеп және белгілер ажырауының нәтижесін анықтау үшін ағылшын генетигі ұсынған, оның атымен аталатын Пеннет торы қолданылады. Ол тордың бойына тігінен аналық, ал көлденеңінен аталық гаметалар жазылады да, олардың түйіскен жерлеріндегі торларға алынатын зиготалардың генотиптері жазылады. Соның негізінде олардың фенотиптері анықталады. Дигибридті будандастырудың цитологиялық негіздері 7 суретте берілген.
F 1 –дегі будан өсімдіктің мейозы кезінде аллельді емес екі доминантты генді (АВ) алып жүретін екі аналық хромосома мен сол тәріздес рецессивті гендері бар екі аталық хромосомалар бір-біріне тәуелсіз түрде жаңа түзілген жыныс клеткаларына ажырайды. Сол гаметалардың ұрықтануының негізінде генотиптері әртүрлі 9 типті зиготалар пайда болады. Олардың тек екеуі ғана бастапқы ата-аналардың генотиптерін толық қайталайды да, қалған жетеуінің хромосомаларында доминантты және рецессивті гендердің әр түрлі құрамы болады. Дигибридті будандастыру кезінде F2 –дегі будан ұрпақтың белгілерінің ажырауына талдау жасағанда нәтижесі мынадай болады:
1. F2 –дегі будандар фенотипі бойынша 4 түрлі болған. Саны жағынан алғанда олардың 9-сары тегіс, 3-сары бұдырлы, 3-жасыл тегіс, 1-жасыл бұдырлы .
2. Сол бұдырлы генотипі бойынша қарастырса, 9 түрлі болып шығады:
1ААВВ : 4АаВв : 2ААВв : 2АаВВ : 2Аавв : 2ааВв : 1ААвв : 1ааВВ : 1аавв
3. Әрбір жұп аллельдің (А-а, В-в) гендері моногибридті будандастырудағыдай 1:2:1 (4АА:8Аа:4аа және 4ВВ: 8Вв:4вв) болып ажырайды. Фенотипі бойынша да әр белгі өз алдына моногибридті будандастырудағыдай 3:1 (12 сары:4 жасыл және 12 тегіс:4 бұдырлы) болады.F 1 –дегі будан өсімдіктер тұқымдарының түсі мен пішіні жағынан
ата – аналарынан өзгеше бірнеше комбинация түзеді. Соған байланысты екінші буында ата –аналарынан өзгеше жаңа формалар пайда болады. Мысалы: тұқымы сары - бұдырлы, жасыл – тегіс өсімдіктер.Сөйтіп, Мендель өзінің жүргізген тәжірибелеріне және оларға жасалған талдаулардың нәтижесіне сүйене отырып, үшінші заңын ашты. Ол белгілердің тәуелсіз тұқым қуалау заңы деп аталады.