Метаморфозы возникают как следствие адаптации к условиям существования или изменения функций отдельных его органов.
Наиболее часто встречающиеся из видоизменений побега – корневища, клубни, луковицы, клубнелуковицы.
Корневища – подземные многолетние побеги. Они свойственны многим травянистым растениям. Выполняют две основные функции – запасание питательных веществ и вегетативное размножение. Различают гипогеогенные корневища, формирующиеся в почве, и эпигеогенные, которые растут как наземные побеги, а затем погружаются в почву. Ежегодно корневище нарастает и образует надземные побеги.
Клубень – видоизмененный побег, стебель которого разрастается и накапливает запасные вещества. Подземные клубни часто возникают на столонах – удлиненных побегах, концы которых утолщаются (картофель). Иногда клубень образуется путём разрастания гипокотиля (цикламен). Подземные клубни несут недоразвитые листья (чешуйки), пазушные почки которых называют "глазками", реже лишены листьев.
Луковица – подземный побег с коротким уплотнённым стеблем, называемым донцем, и мясистыми чешуевидными листьями. Луковица является органом запасания и служит для вегетативного возобновления и размножения. Луковицы бывают двух типов – плёнчатые и чешуйчатые. Они могут быть однолетними (лук, тюльпан) и многолетними (нарцисс, амариллис), а по способу ветвления – моноподиальными и симподиальными. Клубнелуковица – видоизменённый подземный побег, внешне похожий на плёнчатую луковицу, но накапливающий запасные питательные вещества в разросшемся мясистом стебле. Снаружи клубнелуковица покрыта сухими плёнчатыми листьями. В клубнелуковицах хорошо развиты верхушечная и пазушные почки, из которых вырастают генеративные побеги и "детки". Клубнелуковицы обычно однолетние, они характерны для гладиолуса, шафрана.