Найбільш поширеною є класифікація Бергі, в якій царство Procaryote ділиться на 4 розділи:
1) Gracilicutes (тонка стінка)
2) Firmicutes (товста стінка)
3) Tenericutes (позбавлені стінки)
4) Mendosicutes (є дефекти клітинної стінки)
Відповідно до новго кодексу номенклатури бактерій запроваджено такі міжнародні класифікаційні категорії царства Procaryote: Розділ – Клас – Порядок – Родина – Рід – Вид. Основною номенклатурною одиницею є вид.
Основні принципи систематики: геносистематика ( визначення подібності і відмінності ДНК бактерій) + числова таксономія (визначає спорідненість між мікроорганізмами за подібністю численних характеристик) + класичні методи (враховують морфологію, біохімію, фізіологію та інші властивості бактеріальної клітини)
В основі сучасної класифікації мікроорганізмів лежить розташуваня їх за таксонами на основі схожості споріднених ознак.
Характеристика виду:
1) спільне походження 2) пристосованість до певного середовища життя 3) подібність обміну речовин та характеру міжвидових відношень 4) наявність подібного генетичного апарату, морфологічних та фізіологічних ознак
Інфравидові варіанти ґрунтуються на відмінності за якимсь незначними спадковими властивостями: антигенними – сировар; морфологічними – морфовар; хімічними – хемовар; біохімічними або фізіологічними - бровар; патогенністю – патовар; відношенні до фагів – фаговар.