Зовнішня мембрана має типову тришарову будову. Цитоплазма підрозділяється на два шари: зовнішній і внутрішній. Зовнішній шар (ектоплазма) більш щільний, однорідний і прозорий, внутрішній (ендоплазма) -зернистий, має більш рідку консистенцію. В ендоплазмі знаходяться органоїди загального призначення — мітохондрії, ЕПР та ін.. Крім того, відповідно до функцій, властивих цілому організму, найпростіші мають органоїди спеціального призначення, здійснюючі функції пересування, живлення, виділення, захисту тощо.
Органоїдами руху найпростіших є: 1) псевдоподії 2) джгутики 3) війки
Будова органоїдів живлення не однакова і залежить від способу живлення різних найпростіших. Велика частина найпростіших харчується частинками твердої їжі. У таких організмів для перетравлювання їжі існує травна вакуоля — крапля рідини, що містить травні ферменти, котра утворюється під час потрапляння їжі в ендоплазму. Травна вакуоля оточує харчову частинку й переміщається тілом найпростішого, їжа перетравлюється і всмотується в цитоплазму. Залишки неперетравленої їжі разом з травною вакуолею викидаються назовні. Найпростіші, котрі здебільшого ведуть паразитичний спосіб життя, засвоюють їжу всією поверхнею тіла, використовуючи в основному механізм піноцитозу. Нарешті, невелика група найпростіших харчується подібно рослинам і має хлоропласти.
Органоїди виділення представлені скоротливою або пульсуючою вакуолею, що має вигляд невеликого міхурця, наповненого водянистою рідиною.