1.Світлова мікроскопія:
-світлопільна-різновид оптичної (світлової) мікроскопії, де візуалізація досліджуваного об'єкта ґрунтується на вибірковому поглинанні ним або елементами його структури світла з різною довжиною хвилі.
-темнопільна- заснована на розсіюванні світла мікроскопічними об'єктами . При темнопольній мікроскопії в об'єктив попадають тільки промені світла, розсіяного об'єктами при бічному висвітленні . Прямі промені від освітлювача в об'єктив не попадають.Застосовується темнопольная мікроскопія переважно для вивчення спірохеті виявлення (але не вивчення морфології) великих вірусів.
-фазово-контрастна- заснована на інтерференції світла: прозорі об'єкти, що відрізняються по показнику переломлення від навколишнього середовища, виглядають або як темні на світлому тлі (позитивний контраст), або як світлі на темному тлі (негативний контраст). Фазово-контрастна мікроскопія застосовується для вивчення живихмікроорганізмів і кліток у культурі тканини.
-люмінісцентна-в основі лежить явище люмінесценції, тобто здатності деяких речовин світитися при опроміненні їх короткохвильової (синьо-фіолетової) частиною видимого світла або ультрафіолетових променів з довжиною хвилі, близької до видимого світла. Люмінесцентна мікроскопія використовується в діагностичних цілях для спостереження живих чи фіксованих мікроорганізмів, пофарбованих люмінесцентними барвниками (флюорохромами) у дуже великих розведеннях, а також при виявленні різних антигенів і антитіл за допомогою іммунофлюоресцентного методу.
-поляризаційна - заснована на явищі поляризації світла і призначена для виявлення об'єктів, що обертають площину поляризації.Застосовується в основному для вивчення мітозу.
-ультрафіолетова-в основі лежить здатність деяких речовин (ДНК, РНК) поглинати ультрафіолетові промені. Вона дає можливість спостерігати і кількісно встановлювати розподіл цих речовин у клітці без спеціальних методів фарбування.
2.Електронна-принципово відрізняється від світлової. В електронному мікроскопі замість світлових променів для побудови зображення використовується потік електронів у глибокому вакуумі. Зображення в електронному мікроскопі спостерігають на флюоресцуючому екрані і фотографують. Як об'єкти використовують ультратонкі зрізи чи мікроорганізмів тканин товщиною 20-50 нм, що значно менше товщини вірусних часток.За допомогою електронного мікроскопа вивчають ультратонку будову мікроорганізмів і тканин, а також проводять імунну електронну мікроскопію.