Гласный е произносится как э:
avena – авэна (овес),
beta – бэта (свекла).
Гласный i произносится как и:
iris – ирис (ирис),
iberis – иберис (иберис).
Jj в начале слова перед гласными и в середине слова между двумя гласными произносится как й:
juniperus – йюнипэрус (можжевельник),
major – майор (большой).
Гласный у произносится, как и (встречается только в словах греческого происхождения):
Mycobacterium – микобактэриум (микобактерия).
Согласный Сс перед e, i, y, ae, oe произносится, как ц; перед гласными a, o, u, перед согласными, а также в конце слова – как к.
centaurea – цэнтаурэа (василек),
cicuta – цикута (вех),
Sarcina – сарцина (сарцина),
саrum – карум (укроп),
secale – сэкалэ (рожь),
corydalis – коридалис (хохлатка),
cuscuta – кускута (повилика),
Streptococcus – стрептококкус (стрептококк),
Clostridium – клостридиум (клостридия).
Согласный Hh произносится мягко, как украинское г:
hordeum – гордэум (ячмень),
humulus – гумулюс (хмель).
Согласный Kk употребляется редко, так как звук к передается обычно буквой с:
knautia – кнауция (короставник),
kochia – кохиа (кохия).
Согласный Ll произносится мягко, как ль:
Salmonella – сальмонэлла (сальмонелла),
malva – мальва (мальва, просвирник).
Согласный Ss обычно произносится, как с; если же он находится между двумя гласными или между гласным и согласными m или n, то произносится, как з:
setaria – сэтария (щетинник),
pastinaca – пастинака (пастернак),
rosa – роза (роза),
asarum – азарум (копытень),
osmunda – озмунда (осмунда).
В латинском языке часто встречаются дифтонги – сочетание двух гласных звуков, произносимых, как один слог:
ae – как э,
oe – нечто среднее между о и ё,
au – как ау,
eu – как эу.
Если в дифтонге звуки нужно произносить раздельно, то над вторым гласным ставят две точки:
аloё – алоэ (алоэ).
Имеют специфическое произношение и другие сочетания букв: перед гласными сочетание ngu произносится, как нгв, а su – как св:
sanguisorba – сангвизорба (кровохлебка),
suaeda – свэда (сведа).
Буква Qq пишется всегда с u; это сочетание произносится, как кв. После него всегда следует гласный звук:
quercus – квэркус (дуб),
aquilegia – аквилэгиа (водосбор).
Сочетание ti перед гласными произносится, как ци; но после s, t, x – как ти:
nicotiana – никоциана (табак),
Serratia – сэррация (серрация),
neottia – нэоттия (гнездовка).
Сочетание sch читается, как сх (а не как ш, так как в латинском языке шипящих звуков нет):
schoenoplectus – схёноплектус (схеноплектус),
schoenus – схёнус (схенус),
moschata – мосхата (мускусная).
Сочетание ех перед гласной читается, как экз, перед согласными – как экс:
exemplum – экземплум (пример),
externus – экстэрнус (наружный).
Сочетание ch произносится, как х (встречается в словах греческого происхождения):
Аchromobacter – ахромобактэр (ахромобактер),
chromosoma – хромозома (хромосома).
Сочетание ph произносится, как ф:
phleum – флэум (тимофеевка),
phaseolus – фазэолюс (фасоль).
Сочетание th произносится, как т;
Тhiobacillus – тиобациллюс (тиобацилла),
thallophyta – таллофита (слоевцовые растения).
Сочетание rh произносится, как р:
rheum – реум (ревень),
Rhizobium – ризобиум (ризобий).