Мочеточник представляет трубку для проведения мочи длиной 30-35 см. Просвет его не везде одинаков (5-7 мм). Топографически мочеточник делят на брюшную, тазовую и внутристеночную части. Две первые части имеют приблизительно одинаковую длину, равную 15-17 см; последняя прободает стенку мочевого пузыря косо под острым углом, проходя в ней расстояние около 1.5-2 см. Просвет мочеточника неравномерен. Наибольшая ширина просвета брюшной части равна 8-13 мм, тазовой части - 6 мм. Мочеточник имеет три сужения: первое - в самом начале мочеточника (просвет 2-4 мм); второе - в месте перехода в малый таз (просвет 4-6 мм); третье – в интрамуральной части (просвет 4 мм). В каждом из этих сужений могут задерживаться камни при мочекаменной болезни.
Мускулатура мочеточника почти на всем его протяжении состоит из двух слоев - наружного продольного и внутреннего кругового. В нижней части органа имеется третий слой мышц, продольный, продолжающихся сюда из мочепузырного треугольника. Движения мочеточника носят перистальтический характер, волны сокращения пробегают с интервалами в 1/4 - 1 мин, во время этих промежутков складки слизистой оболочки замыкают просвет органа. Поэтому поступление мочи в мочевой пузырь происходит отдельными порциями, по 8-10 капель 2 раза в минуту. При переполнении мочевого пузыря перистальтика мочеточника ослабевает, а при закупорке мочеточника камнем, напротив, усиливается. В случаях закупорки или сдавления мочеточника его проксимальная часть расширяется, происходит гипертрофия мышечной оболочки, а при длительном нарушении оттока мочи наступает атрофия мускулатуры.