Клостридии выделяются в окружающую среду с фекалиями, но их количество меньше, чем БГКП и энтерококков и составляет 105-106кл/г. К СПМ относят Clostridium perfringens и CI. sporogenes. Это крупные, полиморфные, грамположительные, спорообразующие палочки. Основным биохимическим признаком для идентификации клостридий является способность образовывать черные колонии на железосульфитной среде за счет образования FeS. Эта среда позволяет дифференцировать клостридии фекального загрязнения от клостридий, обитающих во внешней среде. Кишечные клостридии восстанавливают сульфиты и вызывают почернение среды, а свободноживуицие не имеют сульфитредуктазы и не изменяют цвет среды. Следует отметить, что почернение среды могут вызывать другие бактерии, например, E.coli. Для подавления роста сопутствующей микробиоты посевы выращивают при 43-44,5 °С или прогревают при 80 °С 15-20 мин. Простота обнаружения на среде Вильсон- Блера и некоторых других средах является существенным преимуществом кишечных клостридий как СПМ.
С. perfringens размножается во внешней среде. Однако размножение происходит при температуре не менее 18-20 °С и при достаточном количестве питательных веществ, например, в гумусных почвах южных широт.
Для прорастания спор необходим температурный шок, т. е. прогревание при 70 °С в течение 15-30 мин. Без прогрева прорастает лишь 0,1-3 % спор. О давности фекального загрязнения предложено судить, сопоставляя содержание споровых и вегетативных форм. С этой целью определяют количество клостридий в непрогретых и прогретых пробах. В прогретых пробах присутствуют только споровые формы, что свидетельствует о давнем фекальном загрязнении. В непрогретых пробах выявляют вегетативные и споровые формы. Большое число вегетативных форм свидетельствует о свежем фекальном загрязнении. Однако на практике количество С.perfringens в непрогретых пробах бывает ниже, чем в прогретых. Это обусловлено антагонистическим влиянием сопутствующей микробиоты или отсутствием температурного шока в непрогретых пробах.
В отечественной практике о давности фекального загрязнения судят, сопоставляя индексы БГКП и С. perfringens. Если оба показателя имеют высокое значение, то делают заключение о наличии свежего фекального загрязнения. Высокое значение индекса БГКП и низкое значение индекса клостридий указывает на давнее загрязнение.