Главным методом диагностики в настоящее время является бактериологический, состоящий в выделении чистой культуры возбудителя и определении необходимых для терапевтических и профилактических целей свойств. Диагностические возможности других методов ограничены.
Микроскопический метод выявляет бактерии только в случае массивного содержания в материале (105 и более бактерий на мл) и из-за близости морфологии бактерий позволяет отнести выявленную культуру только к крупным таксонам (бактерии, кокки, спирохеты, грамположительные, грамотрицательные и др.). Его результаты могут быть использованы для выбора питательных сред и предварительного суждения о возможном возбудителе.
Серологический метод имеет вспомогательное значение. Ограничивает его возможности выраженная мозаичность антигенной структуры многих условно-патогенных микробов, наличие антител против них у здоровых людей и слабая выраженность иммунного ответа на антигены условно-патогенных микробов. Серологические реакции ставятся обычно с аутокультурой (реакция агглютинации с аутоштаммом), результат оценивается по нарастанию титра антител в процессе болезни (в 4 и более раз).
Биологический метод обычно не используется из-за неспецифичности клинической картины, вызываемой условно-патогенными микробами у экспериментальных животных.
Аллергический метод также не применяют в связи с отсутствием сенсибилизации или ее малой специфичностью.
Бактериологический (культуральный) метод. При использовании этого метода следует учитывать, что в патологическом материале от больного, как правило, присутствует ассоциация микроорганизмов, в которую входят как возбудители заболевания, так и заносные из других органов и внешней среды виды, а также микробы, которые попали в материал при его заборе и доставке.