Почва является главным резервуаром и естественной средой обитания микроорганизмов в природе. Суммарное количество микроорганизмов в почве составляет 109-1010 микробных клеток в 1 г почвы.
Качественный состав микрофлоры почвы очень разнообразен: множество видов бактерий (преимущественно спорообразующих), актиномицетов, спирохет, архебактерий, простейших, синезеленых водорослей, микоплазм, грибов, вирусов. Распределение микробов в почве неравномерно. Наиболее обильна микрофлора на глубине 10-20 см.
В составе микрофлоры почвы принято выделять так называемые физиологические группы микроорганизмов, которые участвуют в различных этапах постепенного разложения органических веществ.
1. Бактерии-аммонификаторы (образуют аммиак из органических соединений).
2. Нитрифицирующие бактерии (окисляют аммиак до нитритов и нитратов).
3. Азотфиксирующие бактерии (усваивают атмосферный азот и синтезируют азотсодержащие органические соединения).
4. Бактерии, расщепляющие клетчатку и вызывающие различные виды брожений (молочнокислое, спиртовое, маслянокислое, уксусное и др.)
5. Бактерии, участвующие в круговороте серы, железа, фосфора и других элементов.