К позднему архею создались условия, более благоприятные для существования и размножения организмов: снизилась температура воды, уменьшилась ее кислотность и химическая агрессивность. В верхнеархейских породах обнаружены первые определимые органические остатки: фитолиты (строматолиты, онколиты) и микрофоссилии. Строматолиты представлены мелкими фестончатыми и куполовидными формами и пластовыми образованиями. Это, как уже указывалось выше, продукты жизнедеятельности цианобионтов. Микрофоссилии - это также цианобион-ты и бактерии. В кремнистых породах серии Фиг-Три (Южная Африка) встречены микроскопические образования, напоминающие одноклеточные водоросли и бактерии. Количество биомассы в сравнении с ранним археем значительно возросло, но она была представлена исключительно прокариотами, так как эукариоты еще не возникли. От более молодых аналогичных ископаемых позднеархейские прокариоты отличаются меньшим размером клеток.
Деятельность цианобионтов постепенно привела к увеличению количества кислорода в атмосфере и гидросфере. Около 3 млрд. лет назад была превышена точка Юри, т.е. содержание кислорода в атмосфере поднялось выше 0,001 от современного. С этим впоследствии будут связаны активизация развития и усложнение других групп организмов, а также изменение процессов осад-конакопления.