На обратном маршруте португальцы захватили несколько торговых судов. В свою очередь, правитель Гоа хотел заманить и захватить эскадру, чтобы использовать суда в борьбе с соседями. Приходилось отбиваться от пиратов. Трехмесячный маршрут к берегам Африки сопровождали жара и болезни экипажей. И только 2 января 1499 года моряки увидели богатый город Могадишо. Не решаясь высадиться с немногочисленной измученной лишениями командой, да Гама приказал «для острастки» обстрелять город из бомбард.
7 января мореплаватели прибыли в Малинди, где за пять дней благодаря хорошей пище и фруктам, предоставленным шейхом, моряки окрепли. Но все равно экипажи так уменьшились, что 13 января на стоянке южнее Момбасы пришлось сжечь одно из судов. 28 января миновали остров Занзибар, а 1 февраля сделали остановку у острова Сан-Жоржи, у Мозамбика, 20 марта обогнули мыс Доброй Надежды. 16 апреля попутный ветер донес суда до островов Зелёного мыса. Оттуда Васко да Гама послал вперёд корабль, который 10 июля доставил в Португалию весть об успехе экспедиции. Сам капитан-командир задержался из-за болезни брата — Паулу да Гама. В августе или в сентябре 1499 года Васко да Гама торжественно вернулся в Лиссабон. Возвратились лишь два судна и 55 человек. Тем не менее, с финансовой точки зрения, экспедиция Васко да Гама была необычайно успешной — выручка от продажи привезённых из Индии товаров в 60 раз превысила затраты на экспедицию.