После возвращения из второго похода Васко да Гама продолжал разрабатывать планы дальнейшей колонизации Индии, советовал королю создать там морскую полицию. Король учёл его предложения в двенадцати документах (указах) по Индии. В 1505 году король Мануэл I, по совету Васко да Гамы, учредил должность вице-короля Индии. Сменявшие друг друга Франсишку д’Алмейда и Аффонсу д’Албукерки жестокими мерами укрепляли власть Португалии на земле Индии и в Индийском океане. Однако после смерти Албукерки в 1515 году его преемники оказались алчными и неспособными.