После докембрийского этапа развития этой тер-рии важнейшим является салаирский этап, в к-ом: в венде – начале кембрия на докембрийском фунд-е закладываются многочисленные эвгеосинклинали, например, в Кузнецком Алатау, в Западном Саяне, в Салаирском антиклинории, в Томь-Колыванской зоне. Эти эвгеосинклинали заполнены спилит-кератофировой формацией с офиолитовой ассоциацией. В итоге салаирского тектогенеза закончился геосинклинальный режим в Кузнецком Алатау и наступил орогенный этап развития, образовалась Салаирская складчатая дуга.
В каледонский этап развития геосинклинальный режим локализуется в Западно-Саянской зоне и в Горном Алтае. Прогибы сохраняют относительную подвижность, и в них в течение нижнего палеозоя накапливаются мощные толщи флишевой формации. В рез-е каледонской складчатости замыкаются геосинклинальные прогибы: в Горном Алтае в конце раннего ордовика, а в Западном Саяне в конце раннего силура. Закл-ый этап развития каледонид в раннедевонскую эпоху хар-тся образ-ем крупных межгорных впадин Северо- и Южно-Минусинских и Тувинских.
Каледонский тектон-ий этап в Алтае-Саянской области отличается неполнотой геосинклинального цикла, что сказалось в слабом проявлении гранитизации на завершающем этапе складчатости и в отсутствии краевых прогибов.
На ранних стадиях герцинского тектон-го этапа происходит замыкание геосинклинальной системы в Салаире и причленение его к каледонским складчатым сооружениям. В конце раннего карбона заканчивается геосинклинальный режим в Рудном Алтае и Томь-Колыванской зоне. Герцинская складчатость сопровождалась интенсивным гранитным магматизмом.
На границе каледонид с герцинидами сформировался Кузнецкий прогиб, заполненный мощной угленосной формацией. В мезозойский этап развития Алтае-Саянская складчатая область имела платформенный режим происходили лишь глыбовые движения, при к-ых прогибы вновь погружались. С этими движениями связано накопление в межгорных впадинах и Кузнецком прогибе юрских угленосных отложений. Некоторое обновление испытывали зоны глубинных разломов, по которым изливались базальтовые лавы.
В кайнозойский этап продолжались дифференцированные глыбовые движения. В рез-те оформился тот сложный рельеф, к-ый наблюдается в настоящее время.