Заступників Голови Держземагентства України, у тому числі першого, призначає на посади Президент України за поданням Прем'єр-міністра України, внесеним на підставі пропозицій Голови Держземагентства України, погоджених із Міністром.
Заступників Голови Держземагентства України, у тому числі першого, звільняє з посади Президент України.
Для погодженого вирішення питань, що належать до компетенції Держземагентства України, обговорення найважливіших напрямів його діяльності у Держземагентстві України утворюється колегія.
Рішення колегії вводяться в дію наказами Держземагентства України.
Для розгляду наукових рекомендацій та проведення фахових консультацій з основних питань діяльності у Держземагентстві України можуть утворюватися постійні або тимчасові консультативні, дорадчі та інші допоміжні органи.
Рішення про утворення та ліквідацію колегії, постійних або тимчасових консультативних, дорадчих та інших допоміжних органів, їх кількісний і персональний склад, положення про них затверджуються Головою Держземагентства України.
Гранична чисельність державних службовців та працівників Держземагентства України затверджується Кабінетом Міністрів України.
Структура центрального апарату Держземагентства України затверджується Головою Держземагентства України за погодженням із Міністром.
Штатний розпис, кошторис Держземагентства України затверджуються Головою Держземагентства України за погодженням із Міністерством фінансів України.
Держземагентство України є юридичною особою, має печатку із зображенням Державного Герба України та своїм найменуванням, власні бланки, рахунки в органах Державної казначейської служби України.