Озёра, за исключением проточных, играют роль наиболее значимых конечных водоёмов стока на континентах. Здесь аккумулируются большие объёмы материала, транспортируемого и осаждаемого различными способами. В процессах озёрной седиментации в равной мере важную роль играют все три известных механизма осадконакопления: терригенное, хемогенное и биогенное. Представлены и все соответствующие типы отложений.
Терригенные озёрные отложения представлены илами, песками, галечниками. В их распределении на дне озёрного водоёма обычно проявлена латеральная зональность, обусловленная волноприбойной сортировкой. У самого берега остаётся наиболее крупный материал (галечный или гравийный), далее по направлению вглубь озера отлагается грубый песок, потом – всё более и более мелкий материал. Наконец, в центральных частях озёрных котловин накапливаются, как правило, наиболее тонкие глинистые или алевритовые осадки. Частные отклонения от этой зональности возникают в результате деятельности придонных течений. Типичными для терригенных озёрных отложений являются хорошая сортировка и окатанность, не уступающие свойственным аллювию. Отличаются они от аллювия характерной тонкой горизонтальной слоистостью. Сама слоистость обусловлена изменчивостью режима поступления терригенного материала вглубь озера: во время волнения сюда доставляется больше взвешенного материала, причём несколько более крупной размерности. Так как объём его обычно невелик, слоистость будет тонкой. А поскольку осаждение протекает в спокойной обстановке – горизонтальной. Слоистость прибрежных осадков может быть линзовидной вследствие активной динамики движения воды.
Хемогенные отложения формируются в озёрах двумя путями. Первый, и самый значимый – это осадконакопление в солёных озёрах, в результате которого накапливаются соляные отложения. Этот процесс проявляется в условиях очень сухого климата, когда процессы испарения резко доминируют над притоком воды, и концентрация растворённых солей превышает предел растворимости. В отдельных случаях озёра пересыхают полностью и превращаются в шоровые солончаки – котловины с ровной поверхностью, покрытой соляным осадком. В зависимости от состава растворённых солей различным будет и состав осадков. Наибольшим распространением пользуются осадки хлоридные (преимущественно NaCl), сульфатные и карбонатные (содовые). Так как в озёрной воде всегда растворены различные соли, а условия их осаждения различны, для таких осадков бывает характерна очень тонкая горизонтальная слоистость (с разным соотношением солей в каждом слое).
Второй тип хемогенных отложений в озёрах – это железистые и марганцовистые осадки. Их накопление характерно для части озёр таёжной и экваториальной зон – когда заметный вклад в их питание вносят болотные воды. В восстановительной глеевой среде, свойственной болотам, железо и марганец находятся в закисной форме и образуют растворимые химические соединения. Когда содержащие их болотные воды проникают в озёрный водоём, вода которого содержит кислород, возникает геохимический барьер. Железо и марганец окисляются и образуют нерастворимые гидрооксидные соединения, которые осаждаются на дне водоёма.
Биогенные отложения формируются в озёрах при высоком содержании органогенного вещества в донных осадках. Самое интенсивное накопление таких отложений происходит в умеренном климате. В условиях холодного климата в озёрах недостаточно биомассы, а в жарком климате слишком быстро идёт разложение органического вещества. Основной органический материал для накопления биогенных илов поступает за счёт разложения растительных остатков. В результате образуется сапропель – органический ил, переработанный микроорганизмами при слабом доступе кислорода. Интенсивное накопление сапропелей характерно для озёр с большим количеством фитопланктона (особенно сине-зелёных водорослей). Разлагаясь, их останки насыщают воду аммиаком и сероводородом, создавая восстановительную среду. Источником материала также служат останки червей, личинок насекомых и другого зоопланктона, крупных животных (рыб и др.). При минерализации, в зависимости от различий в жизнедеятельности бактерий, образуются сапропели глинистые, известковистые, кремнезёмистые и др. Дальнейшее преобразование сапропелей приводит к образованию сапропелевых углей – наиболее богатых органическим веществом.
Кроме того, в озёрах могут накапливаться минеральные осадки биогенного происхождения – кремнистые и известковистые. Это возможно в том случае, если водоём населяют микроорганизмы, имеющие минеральный скелет соответствующего состава (диатомовые водоросли, фораминиферы и др.).