Бо́льшая часть грузопотока приходится на водный транспорт. В период навигации основными транспортными артериями становятся реки (Лена с притоками Вилюй и Алдан, Яна,Индигирка, Колыма). В северные районы республики грузы доставляются Северным морским путём.
Развивается автомобильная сеть республики. 25 октября 2008 года официально открыта для круглогодичного движения на всём своём протяжении автодорога федерального значения «Колыма» (Якутск — Магадан). В 2007 году автодорога «Вилюй» (Якутск — Вилюйск — Мирный — Ленск — Усть-Кут — Тулун) включена в список федеральных дорог. Однако фактически такой дороги не существует: участок Ленск — Усть-Кут является зимником, по которому автомобильное сообщение возможно около трёх месяцев в году. В перспективе планируется выход автодороги «Амга» (Якутск — Амга — Усть-Мая) к порту Аян в Хабаровском крае. Также планирутеся строительство круглогодично действующих трасс «Яна» (Хандыга — Батагай — Усть-Куйга) и «Анабар» (Мирный — Удачный — Оленёк — Юрюнг-Хая). В то же время автодорога федерального значения «Лена», которая связывает Якутск с общероссийской автомобильной сетью, требует очень серьёзного ремонта.
Развит воздушный транспорт. В республике действует 23 аэропорта.
Действует участок Амуро-Якутской железнодорожной магистрали Беркакит — Алдан — Томмот. Продолжается строительство участка до посёлка Нижний Бестях (официально открыт в сентябре 2011 года, рабочая загрузка ещё не начата), рассматривается возможность строительства совмещённого автомобильно-железнодорожного моста через Лену с выходом железной дороги на Якутск, а также продолжения строительства железной дороги на Мому — Магадан. В юго-восточной Якутии также близко к завершению строительство тупиковой железнодорожной линии Улак — Эльга, соединяющей БАМ с Эльгинским угольным месторождением.