Почти вся территория области расположена в бассейне реки Тобол, и лишь восточные районы относятся к Тобол-Ишимскому междуречью и являются бессточной зоной. В Курганской области протекает 449 водотоков общей протяженностью 5175 километров, насчитывается 2943 озера общей площадью 3000 квадратных километров, что составляет 4 % от площади области. Из общего количества озёр 88,5 % — пресные, 9 % — соленые, 2,5 % — горько-соленые. Некоторые из них по минералогическим свойствам воды соответствуют лучшим природным здравницам России. Большой популярностью пользуются курорты «Озеро Медвежье», «Сосновая роща», детский санаторий «Озеро Горькое». «Озеро Медвежье» является самым крупным из соленых озёр области (5853 га). Минерализация его хлоридного натриевого рассола составляет 120—270 г/л, достигая в летнее время 360—400 г/л. На дне озера залегают значительные запасы сульфидных грязей. По лечебным свойствам вода озера «Медвежье» является аналогом воды Мертвого моря.